El manuscrito de Voynich ha sido estudiado por muchos criptógrafos profesionales y aficionados, incluyendo a los rompe-códigos americanos y británicos de la Primera y Segunda Guerra Mundial. El manuscrito nunca ha sido descifrado de forma demostrable, y el misterio de su significado y origen ha excitado la imaginación popular, convirtiéndolo en objeto de novelas y especulaciones. Ninguna de las muchas hipótesis propuestas en los últimos cien años han sido verificadas independientemente. En 1969, el manuscrito de Voynich fue donado por Hans P. Kraus a la Biblioteca de Libros Raros y Manuscritos de la Universidad de Yale.

Se trata de un libro en que todo es un enigma, el autor es desconocido, el contenido no ha logrado ser descifrado en los seis siglos de vida del mismo, su idioma, denominado como  voynichés y el aflabeto en el que está escrito también son incomprensibles. Después de muchos intentos para ser descifrado por equipos de especialistas el manuscrito Voynich se ha convertido en el Santo Grial de la criptografía histórica

El manuscrito de Voynich es un códice ilustrado escrito a mano en un sistema de escritura desconocido. La vitela en la que está escrito ha sido fechada con carbono a principios del siglo XV (1404-1438), y puede haber sido compuesta en Italia durante el Renacimiento italiano. El manuscrito lleva el nombre de Wilfrid Voynich, un librero polaco-samogicio que lo compró en 1912. Algunas de las páginas han desaparecido, quedando alrededor de 240. El texto está escrito de izquierda a derecha, y la mayoría de las páginas tienen ilustraciones o diagramas. Algunas páginas son hojas plegables.

La impresión general que dan las hojas supervivientes del manuscrito es que estaba destinado a servir como una farmacopea o a tratar temas de la medicina medieval o de la medicina moderna temprana. Sin embargo, los detalles desconcertantes de las ilustraciones han alimentado muchas teorías sobre el origen del libro, el contenido de su texto, y el propósito para el que fue destinado. La primera sección del libro es casi seguro que es de hierbas, pero los intentos han fallado en identificar las plantas, ya sea con especímenes reales o con los dibujos estilizados de hierbas contemporáneas. Sólo unos pocos de los dibujos de plantas pueden ser identificados con razonable certeza. Las cuencas y tubos de la sección balneológica se interpretan a veces como si implicaran una conexión con la alquimia, sin embargo, tienen poco parecido obvio con el equipo alquímico de la época. Las consideraciones astrológicas desempeñaron con frecuencia un papel destacado en la recolección de hierbas, el sangrado y otros procedimientos médicos comunes durante las fechas más probables del manuscrito. Sin embargo, la interpretación sigue siendo especulativa, aparte de los símbolos obvios del Zodíaco y un diagrama que posiblemente muestra los planetas clásicos.

La codicología, o características físicas del manuscrito, ha sido estudiada por los investigadores. El manuscrito mide 23,5 por 16,2 por 5 cm, con cientos de páginas de vitela reunidas en 18 cuartillas. El número total de páginas es de alrededor de 240, pero el número exacto depende de cómo se cuenten los pliegues inusuales del manuscrito. De las diversas lagunas de numeración en los quires y páginas, parece probable que en el pasado el manuscrito tuviera por lo menos 272 páginas en 20 quires, algunas de las cuales ya faltaban cuando Wilfrid Voynich adquirió el manuscrito en 1912. Hay fuertes evidencias de que muchos de los bifolios del libro fueron reordenados en varios puntos de su historia, y que el orden original de las páginas puede haber sido bastante diferente de lo que es hoy en día.

Cada página del manuscrito contiene texto, en su mayoría en un idioma no identificado, pero algunos tienen una escritura extraña en escritura latina. La mayor parte del texto en el manuscrito de 240 páginas está escrito en una escritura desconocida, corriendo de izquierda a derecha. La mayoría de los caracteres están compuestos por uno o dos simples trazos de pluma. Existe cierta controversia sobre si ciertos caracteres son distintos, pero una escritura de 20-25 caracteres explicaría prácticamente todo el texto; las excepciones son unas pocas docenas de caracteres más raros que sólo aparecen una o dos veces en cada uno. No hay una puntuación evidente.

Gran parte del texto está escrito en una sola columna en el cuerpo de una página, con un margen derecho ligeramente rasgado y divisiones de párrafo y a veces con estrellas en el margen izquierdo. Otros textos aparecen en gráficos o como etiquetas asociadas a ilustraciones. No hay indicaciones de errores o correcciones en ningún lugar del documento. Se han creado varios alfabetos de transcripción para equiparar los caracteres de Voynich con los caracteres latinos para ayudar al criptoanálisis, pero el análisis hasta la fecha de hoy no ha dado resultados.