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Flujos de trabajo de investigación automatizados para acelerar el descubrimiento: cerrando el círculo del descubrimiento de conocimientos.

Automated Research Workflows For Accelerated Discovery: Closing the Knowledge Discovery Loop. National Academies of Sciences, Engineering, 2022.

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Las necesidades y exigencias que se plantean a la ciencia para abordar una serie de problemas urgentes son cada vez mayores. El mundo se enfrenta a retos complejos e interrelacionados en los que el camino a seguir está oculto o disperso entre disciplinas y organizaciones. Durante siglos, la investigación científica ha progresado mediante la iteración de un flujo de trabajo basado en la experimentación o la observación y el análisis de los datos resultantes. Aunque los ordenadores y las tecnologías de automatización han desempeñado un papel fundamental en los flujos de trabajo de la investigación durante décadas para adquirir, procesar y analizar datos, estas mismas tecnologías informáticas y de automatización pueden ahora controlar también la adquisición de datos, por ejemplo, mediante el diseño de nuevos experimentos o la toma de decisiones sobre nuevas observaciones.

Por qué los preprins son buenos para los pacientes

Horby, P. Why preprints are good for patients. Nat Med (2022). https://doi.org/10.1038/s41591-022-01812-4

La comunicación rápida de los resultados de los ensayos clínicos probablemente ha salvado vidas durante la pandemia de COVID-19 y debería convertirse en la nueva norma.

El 16 de junio de 2020, el beneficio de la dexametasona para salvar vidas en pacientes graves con COVID-19 se anunció en una sesión informativa pública en la casa del primer ministro del Reino Unido, en el número 10 de Downing Street. Los resultados, procedentes del ensayo RECOVERY en el Reino Unido, cambiaron inmediatamente la práctica en el país, con una carta enviada esa misma tarde por los jefes médicos del Reino Unido y el director ejecutivo del Servicio Nacional de Salud (NHS) de Inglaterra a todos los centros del NHS que decía lo siguiente «Normalmente aconsejaríamos esperar al documento completo antes de cambiar la práctica, para garantizar que el análisis final y la revisión por pares no lleven a conclusiones diferentes. Sin embargo, dada esta clara ventaja en la mortalidad, con buena significación, y con un medicamento bien conocido que es seguro en estas circunstancias, consideramos que es razonable que la práctica cambie antes del documento final.»

En ese momento, y en repetidas ocasiones a lo largo de la pandemia, se criticó que la ciencia no debía comunicarse por medio de un comunicado de prensa. Algunos médicos exigieron un manuscrito, otros el artículo completo revisado por pares, antes de tomar cualquier decisión sobre el uso de la dexametasona en pacientes con COVID-19. Se publicaron los resultados completos de la comparación de la dexametasona en un preprint sólo 6 días después, el 22 de junio de 2020. Se tomaron muy en serio las críticas a la publicación por nota de prensa y, posteriormente, para todos los resultados de RECOVERY que tienen un efecto potencial en la atención actual de COVID-19, y se publicó el preprint simultáneamente con la nota de prensa.

La pandemia de COVID-19 es la primera emergencia sanitaria mundial de la nueva era de la información, con datos y resultados ampliamente compartidos a través de las redes sociales. Esto ha dado lugar a dificultades muy reales para distinguir la información importante del ruido, y las noticias reales de las falsas. ¿Cuál es la mejor manera de que la comunidad médica y de investigación gestione esta nueva realidad?

No cabe duda de que los resultados de los ensayos clínicos requieren una validación cuidadosa y una evaluación crítica antes de cambiar la atención al paciente. Pero el sistema habitual de revisión por pares en biomedicina es poco eficiente en una emergencia sanitaria mundial que evoluciona rápidamente. Simplemente es demasiado lento. El artículo completo sobre los resultados de la dexametasona fue publicado en línea en el New England Journal of Medicine el 17 de julio de 2020. En el mes transcurrido entre el anuncio público del resultado y la publicación del manuscrito revisado por pares, se notificaron más de 700.000 nuevos casos confirmados de COVID-19 en todo el mundo. El intervalo entre el preprint de RECOVERY para el anticuerpo terapéutico tocilizumab y el artículo revisado por pares fue aún mayor, de 11 semanas (del 11 de febrero de 2021 al 1 de mayo de 2021). Esperar a la revisión por pares habría costado, sin duda, muchas vidas.

Algunos pueden argumentar que la ventaja de la rapidez de los preprints no compensa los riesgos de que se publique una investigación de mala calidad, engañosa o incluso fraudulenta, y que se actúe en consecuencia. Yo diría que los médicos no deberían confiar únicamente en la revisión por pares para evaluar la validez y el significado de los resultados de la investigación. Esto se debe a que los datos dudosos, quizás fraudulentos, pueden pasar la revisión por pares, como se vio con los primeros trabajos de COVID publicados y luego retractados de dos de las revistas médicas más prestigiosas. Además, incluso los datos válidos pueden ser engañosos. Ha habido una avalancha de datos observacionales que han pasado la revisión por pares y luego se han utilizado para justificar tratamientos, sobre todo con hidroxicloroquina, pero la susceptibilidad de la metodología observacional a los sesgos moderados significa que tales datos no deben ser la base de la atención al paciente.

Se pueden extraer dos lecciones de nuestra experiencia en la realización del mayor ensayo clínico COVID-19 durante los dos últimos años. La primera es que el sistema de preprints ha alcanzado la mayoría de edad, demostrando un enorme valor en la comunicación rápida de los hallazgos importantes de la investigación. Casi a diario se reciben alertas en las redes sociales de fuentes y colegas de confianza sobre nuevos hallazgos importantes publicados como preprints. La sección de comentarios de los preprints y los comentarios de los colegas a través de las redes sociales también permiten un grado de revisión por pares inmediato. Los artículos completos revisados por pares suelen aparecer muchas semanas o incluso meses después. No se puede imaginar un futuro sin una difusión tan rápida de las nuevas pruebas.

Dada esta nueva realidad, la segunda lección es que debemos asegurarnos de que la comunidad médica y los responsables políticos estén lo suficientemente capacitados en el pensamiento crítico y los métodos científicos como para poder tomar decisiones sensatas, independientemente de que un artículo sea revisado por pares o no.

Hacer que la ciencia sea más abierta es bueno para la investigación, pero malo para la seguridad

Making Science More Open Is Good for Research—but Bad for Security

Wired, APR 22, 2022 7:00 A

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El movimiento de ciencia abierta impulsa que el conocimiento científico sea rápidamente accesible para todos. Pero un nuevo documento advierte que la velocidad puede tener un costo.

Cada vez más, las revistas han publicado investigaciones que son gratuitas para que cualquiera las lea, y los científicos han compartido sus datos entre ellos. El movimiento de ciencia abierta también ha implicado el surgimiento de servidores de preprints: repositorios donde los científicos pueden publicar manuscritos antes de que pasen por una revisión rigurosa por parte de otros investigadores y se publiquen en revistas. Los científicos ya no tienen que pasar por el arduo proceso de revisión por pares antes de que su investigación esté ampliamente disponible: pueden enviar un artículo en bioRxiv y hacer que aparezca en línea al día siguiente.

Pero un nuevo artículo en la revista PLoS Biology argumenta que, si bien el aumento del movimiento de ciencia abierta es en general algo bueno, no está exento de riesgos.

Durante la pandemia, la necesidad de servidores de preimpresión se puso de relieve: la investigación crucial podría difundirse mucho más rápido que la ruta tradicionalmente lenta de las revistas. Pero con eso, también significa que «más personas que nunca saben ahora cómo sintetizar virus en laboratorios», dice Jonas Sandbrink, investigador de bioseguridad en el Instituto Futuro de la Humanidad de la Universidad de Oxford y el otro coautor del artículo.

Cambios lingüísticos entre los preprints y las publicaciones

Nicholson DN, Rubinetti V, Hu D, Thielk M, Hunter LE, Greene CS (2022) Examining linguistic shifts between preprints and publications. PLoS Biol 20(2): e3001470. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001470

Los preprints permiten a los investigadores poner sus hallazgos a disposición de la comunidad científica antes de que hayan sido sometidos a la revisión por pares. Los estudios sobre preprints en bioRxiv se han centrado en gran medida en los metadatos de los artículos y en la frecuencia con la que estos preprints se descargan, se citan, se publican y se discuten en línea. Un elemento que falta por examinar es el lenguaje contenido en el repositorio de preprints de bioRxiv. Por ello se Intento comparar y contrastar las características lingüísticas de los preprints de bioRxiv con el texto biomédico publicado en su conjunto, ya que es una excelente oportunidad para examinar cómo la revisión por pares cambia estos documentos.

Los rasgos más frecuentes que cambiaron parecen estar asociados a la composición tipográfica y a las menciones de secciones de información de apoyo o archivos adicionales. Además de la comparación de textos, se crearon inserciones de documentos derivadas de un modelo word2vec entrenado previamente. Se descubrió que estas inserciones son capaces de analizar diferentes enfoques y conceptos científicos, vincular pares de artículos revisados por pares sin anotar e identificar revistas que publican artículos lingüísticamente similares a un preprint determinado. También se utilizaro estas inserciones para examinar los factores asociados con el tiempo transcurrido entre la publicación de un primer preprint y la aparición de una publicación revisada por pares. Descubrimos que los preprints con más versiones publicadas y más cambios textuales tardaban más en publicarse.

Por último, se construyó una aplicación web que permite a los usuarios identificar qué revistas y artículos son más similares lingüísticamente a un preprint de bioRxiv o medRxiv, así como observar dónde se posicionaría el preprint dentro del panorama de artículos publicados.

CCSD y COAR anuncian planes para lanzar un directorio de preprints

El Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) de Francia y Confederation of Open Access Repositories (COAR) se complacen en anunciar su colaboración formal para lanzar un directorio de repositorios de preprints de acceso abierto.

Los preprints se están convirtiendo en una parte cada vez más importante del panorama de las comunicaciones de investigación. La publicación de preprints permite a los investigadores compartir su investigación de forma libre y rápida con sus colegas y la comunidad en general. Sin embargo, la comunidad no dispone de una herramienta única para ver el panorama actual de los preprints. Los registros existentes son exhaustivos y abarcan todos los tipos de repositorios o se centran en los preprints de una sola disciplina. Este directorio reunirá todos los repositorios que recogen preprints en una única base de datos, lo que permitirá a los usuarios elegir la plataforma más adecuada para sus necesidades y tener una visión general del ecosistema de preprints.

El directorio se basará en los resultados de un proyecto llevado a cabo por el French Committee for Open Science (Preprints Platforms Project) y apoyado por el French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (MESRI), que ha desarrollado un amplio y detallado catálogo de repositorios de preprints. La lista actual de preprints documenta más de 90 repositorios de preprints junto con detalles sobre su gestión, funcionalidades y servicios relacionados y su relación con los criterios de la ciencia abierta.

Como parte de la colaboración, el COAR desarrollará una base de datos y una interfaz de usuario con la aportación del Proyecto de Plataformas de Preprints y el apoyo del MESRI. COAR albergará el directorio de preprints y el CCSD se encargará de conservar los registros de metadatos para garantizar que el registro se mantenga actualizado. El directorio estará disponible públicamente para todos y, en la medida de lo posible, se alineará con otros directorios relacionados, como OpenDOAR y la lista de servidores de preprints de ASAPbio.

Fuente: COAR

Análisis de los preprints en los repositorios institucionales y generalistas

Kathleen Shearer, Jessica Polka. Delving deeper into preprints in institutional and generalist repositories. COAR, 2022

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A finales del verano de 2021, el COAR y ASAPbio llevaron a cabo una encuesta entre los repositorios institucionales y generalistas (IR) para conocer sus prácticas y planes en relación con la recogida de preprints. Los resultados preliminares revelaron que aproximadamente dos tercios de los repositorios que respondieron albergan actualmente preprints.

116 repositorios institucionales y generalistas de 35 países respondieron a la encuesta, incluyendo una representación particularmente fuerte de Brasil, el Reino Unido (UK) y los Estados Unidos (US). Con más de 3.000 repositorios institucionales y generalistas de todo el mundo, los encuestados representan una muestra muy pequeña y, por tanto, los resultados no deben generalizarse. De las 116 respuestas que se analizaron, el 61% (71) de los encuestados declararon albergar actualmente preprints.

Varios repositorios (12) indicaron que no saben cuántos preprints tienen en sus colecciones. Esto se debe probablemente a que no distinguen entre preprints y otras versiones de artículos en sus registros de metadatos.

En el caso de los repositorios que sí etiquetan los preprints de forma única (53), el número medio de preprints en sus colecciones era de 704. En particular, este número es significativamente mayor que las colecciones de algunos servidores de preprints existentes. La mayoría de los encuestados que alojan preprints (68%) tampoco estaban seguros de si una parte de los preprints de sus colecciones estaban también alojados en un servidor de preprints.

Se preguntó a los encuestados si sus repositorios admiten algunas de las funcionalidades comunes que ofrecen los servicios de preprints dedicados. Entre los 71 repositorios que alojan preprints, la mayoría (62%) enlaza con la versión publicada. La asignación del DOI (40%) y el soporte para el versionado (32%) son también características comunes. Por otro lado, el cribado (16%), el enlace a revisiones externas por pares (10%), las herramientas de comentarios (7%) y los banners o avisos de responsabilidad que explican lo que es un preprint (5%) se admiten con menos frecuencia.

La comunidad de preprints ha estado desarrollando buenas prácticas que responden a los desafíos únicos asociados con la gestión de preprints, tales como la identificación de las versiones de preprints, la vinculación con las versiones de revistas, y el etiquetado transparente de estos objetos para aclarar su estado de revisión por pares a una amplia gama de lectores. En el ámbito biomédico, los criterios de indexación de preprints de Europe PMC y NCBI definen características importantes que afectan a la visibilidad de los preprints en estas bases de datos, y como tales pueden influir en las decisiones de los servidores de preprints en estas disciplinas. Todavía no está claro cómo se puede dar soporte a los requisitos únicos de gestión de preprints en repositorios con un mandato más amplio y con acceso a diversos tipos de recursos. Sin embargo, a medida que se generaliza la compartición de preprints, está claro que estos repositorios generalistas tienen un papel que desempeñar en el apoyo a la compartición abierta y temprana de los manuscritos de investigación, especialmente en los casos en que los investigadores prefieren publicar sus preprints en una infraestructura local o nacional o en los que las instituciones buscan archivar una colección más completa de productos académicos.

Para ayudar a la comunidad a apoyar mejor la compartición de preprints, COAR y ASAPbio convocarán conjuntamente un grupo de trabajo para entender mejor los retos de los repositorios, desarrollar recomendaciones de buenas prácticas y definir una estrategia para avanzar en la recogida de preprints en repositorios institucionales y generalistas.

Preprints: La evolución de su papel en la comunicación científica

Preprints: Their Evolving Role in Science Communication. Puebla, Iratxe, Jessica Polka, and Oya Y Rieger. Preprints: Their Evolving Role In Science Communication. E-book, Ann Arbor, MI: Against the Grain (Media), LLC, 2022, https://doi.org/10.3998/mpub.12412508.Preprints: Their Evolving Role in Science Communication

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El documento analiza la historia y el papel de los preprints en las ciencias biológicas dentro del cambiante panorama de la ciencia abierta. Se centra en el crecimiento exponencial de los preprints como modelo de publicación y en los retos asociados al mantenimiento de la infraestructura técnica y al establecimiento de modelos de negocio sostenibles. Un preprint es un manuscrito académico publicado por el autor o autores en un repositorio o plataforma para facilitar el intercambio abierto y amplio de los primeros trabajos sin ninguna limitación de acceso. En la actualidad existen más de 60 servidores de preprints que representan distintos ámbitos temáticos y geográficos, cada uno de los cuales evoluciona de forma diferente en función de los patrones de adopción y la ética disciplinaria. Esta sesión informativa ofrecerá una ayuda inestimable a quienes deseen comprender este modelo de publicación en rápida evolución.

Guía práctica de los preprints: acelerar la comunicación académica

Kristina Hettne, Ron Aardening, Dirk van Gorp, Chantal Hukkelhoven, Nicole Loorbach, Jeroen Sondervan, & Astrid van Wesenbeeck. (2021). A Practical Guide to Preprints: Accelerating Scholarly Communication (1.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.5600535

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Los preprints son manuscritos [académicos] que no han sido revisados por pares ni publicados en un medio de publicación tradicional. En la ciencia abierta y la publicación académica, el preprint aparece cada vez más como un elemento importante de la comunicación académica. Al publicar los preprints, los académicos pueden compartir rápidamente sus hallazgos y basarse en el trabajo de los demás.

Pero, ¿en qué medida se diferencian de los artículos publicados en una revista académica? ¿Cómo publicar un preprint y en qué archivo de preprints? ¿Cómo interpretar los resultados de la investigación publicados a través de preprints?

El objetivo de la guía es ayudar tanto a los investigadores como al público en general (periodistas, pacientes, personal sanitario, etc.) de los Países Bajos, aunque sin limitarse a ellos, a responder a estas y otras preguntas mediante capítulos bien definidos y preguntas frecuentes.

Los financiadores de la investigación invierten en el modelo de «publicar y luego revisar»

eLife: “Research Funders Invest in ‘Publish, Then Review’ Model For Science Publishing”

eLife se complace en anunciar hoy que sus cuatro financiadores, el Instituto Médico Howard Hughes (HHMI), la Fundación Knut y Alice Wallenberg, la Sociedad Max Planck y Wellcome, amplían su apoyo a la organización sin ánimo de lucro. La nueva inversión impulsará los esfuerzos de eLife para revisar y curar abiertamente la investigación publicada como preprints.

eLife está transformando la comunicación de la investigación para crear un futuro con una comunidad diversa y global de científicos que produzcan resultados confiables y abiertos para el beneficio de todos. La revista de acceso abierto eLife fue el primer paso de esta iniciativa. Ahora, en respuesta a la creciente popularidad de los preprints, la organización ha pasado a un nuevo modelo de publicación científica «publicar y luego revisar» que hace hincapié en los preprints y las revisiones públicas.

La nueva financiación permitirá a eLife avanzar en su visión de un sistema de curación en torno a los preprints que sustituya a los títulos de las revistas como principal indicador de confianza de la calidad e impacto percibidos de un artículo. Como parte de esta visión, un equipo dedicado dentro de eLife está desarrollando la plataforma Sciety que reúne la evaluación y curación de preprints en un solo lugar, ayudando a la gente a navegar por el creciente panorama de los preprints.

Información, ciencia y sociedad en tiempos de posverdad

Cuevas Cerveró, Aurora y Simeão, Elmira y Paletta, Francisco Carlos (2021) Información, ciencia y sociedad en tiempos de posverdad. Otros. Universidad de São Paulo, São Paulo, 2021.

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Cuatro años más tarde de la elección de posverdad como palabra del año celebramos el IX Seminario Hispano-Brasileño de Investigación en Información, Documentación y Sociedad 2020, a escasos días de unas nuevas elecciones en EE.UU. cuyo presidente durante este tiempo, Donald Trump, ha representado el paradigma de los bulos y la postverdad en el ámbito político. Por vez primera el Seminario se ha desarrollado en un formato virtual y abierto para salvar las condiciones de distanciamiento impuesto por una pandemia mundial producida por el virus Covid-19, adaptación que no limitó un ápice la aceptación que tradicionalmente tiene y que permitió seguir alentando el acercamiento entre ambas orillas que tanto enriquece. En este tiempo la alarma de la desinformación ha comenzado a sonar cada vez más alto llegando al estruendo durante los primeros meses del año debido a la cantidad de bulos que se compartieron entonces. Trataban tanto sobre cuestiones relacionadas con la gestión que de la pandemia estaban haciendo los distintos gobiernos como sobre salud, relacionados con la enfermedad producida por el virus y su tratamiento, llegando incluso a conseguir un número importarte de personas de distintos países que negaban su existencia (los llamados “negacionistas”). La polarización política es ya evidente en muchos países, la confianza en los gobernantes está muy erosionada y la democracia comienza a ponerse en entredicho. En esta época de posverdad, como reza el título de esta recopilación de una parte de trabajos presentados al IX Seminario Hispano Brasileño, los profesionales de la información y documentación también tienen un gran trabajo que hacer frente a la desinformación. Ésta supone la antítesis de nuestro esfuerzo: conservar, difundir y hacer accesible información para que el ciudadano pueda contrastar y hacer una valoración crítica de la misma libremente. Los trabajos aquí reunidos exponen problemas y apuntan soluciones en este sentido. Algunas aun no son claramente visibles, o tardarán en desarrollarse o se transformarán en otras, pero traslucen o se inspiran en los problemas que están afectando a la sociedad en estos momentos.