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La confianza en la investigación: los investigadores en el punto de mira

Confidence in research: researchers in the spotlight. Elsevier, 2022

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La pandemia demostró lo importante que es la investigación de calidad para afrontar los retos mundiales y encontrar soluciones que beneficien a la gente de todo el mundo. Aceleró la práctica de la ciencia y los avances, con datos compartidos de forma abierta y rápida, ya que los investigadores colaboraron a través de las fronteras, los sectores y las disciplinas. Ya sea un científico, un profesional sanitario, un responsable político, un regulador o un editor, todos estábamos unidos en torno a un objetivo: salvar vidas. La ciencia se convirtió en el tema que a todo el mundo le interesaba y sobre el que quería leer y comentar.

Por un lado, estos cambios suponen una oportunidad para la comunidad investigadora. Los investigadores pueden participar más fácilmente y compartir sus conocimientos con un grupo más amplio de personas, lo que ayuda a aumentar la comprensión, crear oportunidades de colaboración y estimular el progreso.

Por otro lado, estas tendencias aceleradas suponen un reto. La investigación se crea en mayor cantidad y más rápido que nunca, lo que dificulta la identificación de la información tanto para los investigadores como para el público.

El estudio de  Confidence in research: researchers in the spotlight, apoyado por Elsevier, encuestó a más de 3.000 investigadores de todo el mundo, de diferentes etapas profesionales y disciplinas académicas, para conocer sus experiencias, su propia confianza en el proceso de investigación, y qué habilidades, apoyo o estructuras de incentivos necesitan en este entorno cada vez más complejo y de cara al público.

He aquí algunas de las conclusiones de la investigación:

  • Casi dos tercios de los investigadores científicos encuestados (63%) creen que la pandemia ha aumentado la atención del público sobre la investigación. Pero sólo el 38% cree que una mejor comprensión pública de la investigación será un legado de la pandemia.
  • La mitad de los investigadores encuestados (51%) dicen que sienten la responsabilidad de participar en el debate en línea, y más de dos tercios (68%) creen que la pandemia ha aumentado la importancia de separar la investigación de calidad de la desinformación. Casi una cuarta parte de los encuestados (23%) considera ahora que contrarrestar públicamente la desinformación es una de sus principales funciones en la sociedad.
  • Ser publicado en una revista revisada por pares es el marcador más importante de fiabilidad, según el 74% de los investigadores encuestados. El estudio también revela que más de la mitad de los investigadores (52%) considera que la pandemia ha aumentado la importancia de publicar la investigación con antelación, antes de la revisión por pares.
  • Más de la mitad de los encuestados expresan su preocupación por los retos de la simplificación excesiva (52%) y la politización de la investigación (56%) como resultado de la mayor atención pública sobre la investigación y el proceso de investigación.
  • Casi un tercio (32%) de los encuestados ha sufrido, o conoce a un colega cercano que ha sufrido, abusos tras publicar una investigación en línea.

Entonces, ¿qué creen los expertos consultados que se necesita para hacer frente a estos retos y presiones? El informe The Economist Impact resume las recomendaciones prácticas para apoyar a la comunidad investigadora y aumentar la confianza en la investigación:

  • Formación formal en materia de comunicación para dotar a los investigadores de las herramientas y la orientación necesarias para comunicarse de forma ética, eficaz y con confianza, e incentivar las habilidades de comunicación sólidas como parte del desarrollo de la carrera.
  • Elaborando códigos de conducta claros y orientaciones sobre cómo gestionar la interacción en línea.
  • Incorporando las estructuras adecuadas de incentivos y recompensas para garantizar que las contribuciones de los investigadores a la promoción de la confianza en la ciencia reciban el reconocimiento adecuado, en particular su papel en la enseñanza, el compromiso público y la participación en el proceso de revisión por pares.
  • Proporcionando incentivos financieros para que los investigadores colaboren en equipos más grandes y faciliten ensayos y estudios de calidad por encima de la cantidad.
  • Dirigiendo la financiación de la investigación a los países y comunidades de investigación que más la necesitan.
  • Adoptando resúmenes más digeribles y formatos de fácil uso para que los responsables políticos, los periodistas o el público en general puedan comprender e identificar mejor la investigación de calidad.
  • Dar prioridad a la coherencia del gasto en I+D para garantizar que los investigadores puedan planificar adecuadamente sus necesidades de investigación, personal e infraestructuras.

eLife pone fin a las decisiones de aceptación/rechazo tras la revisión por pares y publicará cada artículo que revise como un preprint revisado

Eisen, Michael B, Anna Akhmanova, Timothy E Behrens, Jörn Diedrichsen, Diane M Harper, Mihaela D Iordanova, Detlef Weigel, y Mone Zaidi. «Peer review without gatekeeping». eLife 11 (20 de octubre de 2022): e83889. https://doi.org/10.7554/eLife.83889.

eLife ha desarrollado este modelo durante los últimos 18 meses pidiendo a los revisores que escriban versiones públicas de sus revisiones por pares que contengan observaciones detalladas útiles para los lectores y una evaluación que resuma su opinión sobre las contribuciones y el rigor metodológico del manuscrito.

eLife se complace en anunciar un importante cambio en la práctica editorial. Basándose en su cambio de 2021 hacia la revisión exclusiva de preprints, la organización está poniendo fin a la práctica de tomar decisiones de aceptación/rechazo tras la revisión por pares.

A partir del 31 de enero de 2023, eLife publicará cada artículo que revise como un Preprint Revisado, un nuevo tipo de resultado de investigación que combina el manuscrito con las revisiones detalladas por pares de eLife y una evaluación concisa de la importancia de los hallazgos y la calidad de la evidencia.

En el nuevo proceso, los editores de eLife invitarán a revisores expertos a realizar una revisión por pares de alta calidad. Los revisores producirán revisiones públicas constructivas por pares, destacando los puntos fuertes y débiles del trabajo. También trabajarán juntos para producir una evaluación de eLife que capte su opinión sobre la importancia de los hallazgos y evalúe la fuerza de la evidencia para ellos en un lenguaje accesible para un lector no experto.

Los autores tendrán la opción de enviar un preprint revisado que responda a las revisiones públicas y a las sugerencias privadas realizadas por los revisores. eLife publicará entonces un nuevo Preprint revisado con las revisiones y la evaluación actualizadas.

Este modelo forman parte de un movimiento de base para aumentar la disponibilidad de la ciencia y la velocidad con la que se comunica, promoviendo el uso de preprints en biología y medicina. La publicación de preprints ha crecido rápidamente, y muchos científicos y miembros del público acceden a la ciencia más reciente a través de los preprints. Esto ha llevado a un número creciente de organizaciones a aceptar los preprints como prueba de productividad en las solicitudes de subvención y de trabajo. El nuevo enfoque de eLife está alineando la revisión por pares con esta nueva realidad, y optimizando su valor para la ciencia y el público.

En contra de la tendencia reciente de aumentar los gastos de procesamiento de los artículos por parte de las editoriales, estos cambios en eLife van acompañados de una reducción de su tasa de publicación de 3.000 a 2.000 dólares. Esto cubre los costes de todas las rondas de revisión por pares, la producción de Preprints revisados y los pasos posteriores. Como siempre ha sucedido en eLife, esta tasa no se aplicará a los autores que no puedan pagarla.

Más sobre eLife

CCSD y COAR anuncian el lanzamiento de un directorio de repositorios de preprints de acceso abierto

Directory of Open Access Preprint Repositories.

El Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) de Francia y la Confederación de Repositorios de Acceso Abierto (COAR) acaban de anunciar el lanzamiento de un directorio de repositorios de preprints de acceso abierto.

Los preprints se están convirtiendo en una parte cada vez más importante del panorama de las comunicaciones de investigación. La publicación de preprints permite a los investigadores compartir su investigación de forma libre y rápida con sus colegas y la comunidad en general.

Sin embargo, la comunidad no dispone de una herramienta única para ver el panorama actual de los preprints. Los registros existentes son exhaustivos y abarcan todo tipo de repositorios o se centran en los preprints de una sola disciplina. Este directorio reúne todos los repositorios que recogen preprints en una única base de datos, lo que permite a los usuarios elegir la plataforma más adecuada para sus necesidades y tener una visión general del ecosistema de preprints.

El directorio está gestionado conjuntamente por el Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) y la Confederation of Open Access Repositories (COAR). Los datos de este directorio fueron recopilados originalmente a través del proyecto GPPdP (Groupe Projet Plateformes de Prepublications), con el apoyo financiero del Comité de Ciencia Abierta (CoSO) del Ministerio de Investigación francés. La lista actual de preprints documenta más de 90 repositorios de preprints junto con detalles sobre su gestión, funcionalidades y servicios relacionados y su relación con los criterios de la ciencia abierta.

Como parte de la colaboración, el COAR aloja el directorio de preprints y el CCSD se encarga de los registros de metadatos para garantizar que el registro se mantenga actualizado.

Flujos de trabajo de investigación automatizados para acelerar el descubrimiento: cerrando el círculo del descubrimiento de conocimientos.

Automated Research Workflows For Accelerated Discovery: Closing the Knowledge Discovery Loop. National Academies of Sciences, Engineering, 2022.

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Las necesidades y exigencias que se plantean a la ciencia para abordar una serie de problemas urgentes son cada vez mayores. El mundo se enfrenta a retos complejos e interrelacionados en los que el camino a seguir está oculto o disperso entre disciplinas y organizaciones. Durante siglos, la investigación científica ha progresado mediante la iteración de un flujo de trabajo basado en la experimentación o la observación y el análisis de los datos resultantes. Aunque los ordenadores y las tecnologías de automatización han desempeñado un papel fundamental en los flujos de trabajo de la investigación durante décadas para adquirir, procesar y analizar datos, estas mismas tecnologías informáticas y de automatización pueden ahora controlar también la adquisición de datos, por ejemplo, mediante el diseño de nuevos experimentos o la toma de decisiones sobre nuevas observaciones.

Por qué los preprins son buenos para los pacientes

Horby, P. Why preprints are good for patients. Nat Med (2022). https://doi.org/10.1038/s41591-022-01812-4

La comunicación rápida de los resultados de los ensayos clínicos probablemente ha salvado vidas durante la pandemia de COVID-19 y debería convertirse en la nueva norma.

El 16 de junio de 2020, el beneficio de la dexametasona para salvar vidas en pacientes graves con COVID-19 se anunció en una sesión informativa pública en la casa del primer ministro del Reino Unido, en el número 10 de Downing Street. Los resultados, procedentes del ensayo RECOVERY en el Reino Unido, cambiaron inmediatamente la práctica en el país, con una carta enviada esa misma tarde por los jefes médicos del Reino Unido y el director ejecutivo del Servicio Nacional de Salud (NHS) de Inglaterra a todos los centros del NHS que decía lo siguiente «Normalmente aconsejaríamos esperar al documento completo antes de cambiar la práctica, para garantizar que el análisis final y la revisión por pares no lleven a conclusiones diferentes. Sin embargo, dada esta clara ventaja en la mortalidad, con buena significación, y con un medicamento bien conocido que es seguro en estas circunstancias, consideramos que es razonable que la práctica cambie antes del documento final.»

En ese momento, y en repetidas ocasiones a lo largo de la pandemia, se criticó que la ciencia no debía comunicarse por medio de un comunicado de prensa. Algunos médicos exigieron un manuscrito, otros el artículo completo revisado por pares, antes de tomar cualquier decisión sobre el uso de la dexametasona en pacientes con COVID-19. Se publicaron los resultados completos de la comparación de la dexametasona en un preprint sólo 6 días después, el 22 de junio de 2020. Se tomaron muy en serio las críticas a la publicación por nota de prensa y, posteriormente, para todos los resultados de RECOVERY que tienen un efecto potencial en la atención actual de COVID-19, y se publicó el preprint simultáneamente con la nota de prensa.

La pandemia de COVID-19 es la primera emergencia sanitaria mundial de la nueva era de la información, con datos y resultados ampliamente compartidos a través de las redes sociales. Esto ha dado lugar a dificultades muy reales para distinguir la información importante del ruido, y las noticias reales de las falsas. ¿Cuál es la mejor manera de que la comunidad médica y de investigación gestione esta nueva realidad?

No cabe duda de que los resultados de los ensayos clínicos requieren una validación cuidadosa y una evaluación crítica antes de cambiar la atención al paciente. Pero el sistema habitual de revisión por pares en biomedicina es poco eficiente en una emergencia sanitaria mundial que evoluciona rápidamente. Simplemente es demasiado lento. El artículo completo sobre los resultados de la dexametasona fue publicado en línea en el New England Journal of Medicine el 17 de julio de 2020. En el mes transcurrido entre el anuncio público del resultado y la publicación del manuscrito revisado por pares, se notificaron más de 700.000 nuevos casos confirmados de COVID-19 en todo el mundo. El intervalo entre el preprint de RECOVERY para el anticuerpo terapéutico tocilizumab y el artículo revisado por pares fue aún mayor, de 11 semanas (del 11 de febrero de 2021 al 1 de mayo de 2021). Esperar a la revisión por pares habría costado, sin duda, muchas vidas.

Algunos pueden argumentar que la ventaja de la rapidez de los preprints no compensa los riesgos de que se publique una investigación de mala calidad, engañosa o incluso fraudulenta, y que se actúe en consecuencia. Yo diría que los médicos no deberían confiar únicamente en la revisión por pares para evaluar la validez y el significado de los resultados de la investigación. Esto se debe a que los datos dudosos, quizás fraudulentos, pueden pasar la revisión por pares, como se vio con los primeros trabajos de COVID publicados y luego retractados de dos de las revistas médicas más prestigiosas. Además, incluso los datos válidos pueden ser engañosos. Ha habido una avalancha de datos observacionales que han pasado la revisión por pares y luego se han utilizado para justificar tratamientos, sobre todo con hidroxicloroquina, pero la susceptibilidad de la metodología observacional a los sesgos moderados significa que tales datos no deben ser la base de la atención al paciente.

Se pueden extraer dos lecciones de nuestra experiencia en la realización del mayor ensayo clínico COVID-19 durante los dos últimos años. La primera es que el sistema de preprints ha alcanzado la mayoría de edad, demostrando un enorme valor en la comunicación rápida de los hallazgos importantes de la investigación. Casi a diario se reciben alertas en las redes sociales de fuentes y colegas de confianza sobre nuevos hallazgos importantes publicados como preprints. La sección de comentarios de los preprints y los comentarios de los colegas a través de las redes sociales también permiten un grado de revisión por pares inmediato. Los artículos completos revisados por pares suelen aparecer muchas semanas o incluso meses después. No se puede imaginar un futuro sin una difusión tan rápida de las nuevas pruebas.

Dada esta nueva realidad, la segunda lección es que debemos asegurarnos de que la comunidad médica y los responsables políticos estén lo suficientemente capacitados en el pensamiento crítico y los métodos científicos como para poder tomar decisiones sensatas, independientemente de que un artículo sea revisado por pares o no.

Hacer que la ciencia sea más abierta es bueno para la investigación, pero malo para la seguridad

Making Science More Open Is Good for Research—but Bad for Security

Wired, APR 22, 2022 7:00 A

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El movimiento de ciencia abierta impulsa que el conocimiento científico sea rápidamente accesible para todos. Pero un nuevo documento advierte que la velocidad puede tener un costo.

Cada vez más, las revistas han publicado investigaciones que son gratuitas para que cualquiera las lea, y los científicos han compartido sus datos entre ellos. El movimiento de ciencia abierta también ha implicado el surgimiento de servidores de preprints: repositorios donde los científicos pueden publicar manuscritos antes de que pasen por una revisión rigurosa por parte de otros investigadores y se publiquen en revistas. Los científicos ya no tienen que pasar por el arduo proceso de revisión por pares antes de que su investigación esté ampliamente disponible: pueden enviar un artículo en bioRxiv y hacer que aparezca en línea al día siguiente.

Pero un nuevo artículo en la revista PLoS Biology argumenta que, si bien el aumento del movimiento de ciencia abierta es en general algo bueno, no está exento de riesgos.

Durante la pandemia, la necesidad de servidores de preimpresión se puso de relieve: la investigación crucial podría difundirse mucho más rápido que la ruta tradicionalmente lenta de las revistas. Pero con eso, también significa que «más personas que nunca saben ahora cómo sintetizar virus en laboratorios», dice Jonas Sandbrink, investigador de bioseguridad en el Instituto Futuro de la Humanidad de la Universidad de Oxford y el otro coautor del artículo.

Cambios lingüísticos entre los preprints y las publicaciones

Nicholson DN, Rubinetti V, Hu D, Thielk M, Hunter LE, Greene CS (2022) Examining linguistic shifts between preprints and publications. PLoS Biol 20(2): e3001470. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001470

Los preprints permiten a los investigadores poner sus hallazgos a disposición de la comunidad científica antes de que hayan sido sometidos a la revisión por pares. Los estudios sobre preprints en bioRxiv se han centrado en gran medida en los metadatos de los artículos y en la frecuencia con la que estos preprints se descargan, se citan, se publican y se discuten en línea. Un elemento que falta por examinar es el lenguaje contenido en el repositorio de preprints de bioRxiv. Por ello se Intento comparar y contrastar las características lingüísticas de los preprints de bioRxiv con el texto biomédico publicado en su conjunto, ya que es una excelente oportunidad para examinar cómo la revisión por pares cambia estos documentos.

Los rasgos más frecuentes que cambiaron parecen estar asociados a la composición tipográfica y a las menciones de secciones de información de apoyo o archivos adicionales. Además de la comparación de textos, se crearon inserciones de documentos derivadas de un modelo word2vec entrenado previamente. Se descubrió que estas inserciones son capaces de analizar diferentes enfoques y conceptos científicos, vincular pares de artículos revisados por pares sin anotar e identificar revistas que publican artículos lingüísticamente similares a un preprint determinado. También se utilizaro estas inserciones para examinar los factores asociados con el tiempo transcurrido entre la publicación de un primer preprint y la aparición de una publicación revisada por pares. Descubrimos que los preprints con más versiones publicadas y más cambios textuales tardaban más en publicarse.

Por último, se construyó una aplicación web que permite a los usuarios identificar qué revistas y artículos son más similares lingüísticamente a un preprint de bioRxiv o medRxiv, así como observar dónde se posicionaría el preprint dentro del panorama de artículos publicados.

CCSD y COAR anuncian planes para lanzar un directorio de preprints

El Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) de Francia y Confederation of Open Access Repositories (COAR) se complacen en anunciar su colaboración formal para lanzar un directorio de repositorios de preprints de acceso abierto.

Los preprints se están convirtiendo en una parte cada vez más importante del panorama de las comunicaciones de investigación. La publicación de preprints permite a los investigadores compartir su investigación de forma libre y rápida con sus colegas y la comunidad en general. Sin embargo, la comunidad no dispone de una herramienta única para ver el panorama actual de los preprints. Los registros existentes son exhaustivos y abarcan todos los tipos de repositorios o se centran en los preprints de una sola disciplina. Este directorio reunirá todos los repositorios que recogen preprints en una única base de datos, lo que permitirá a los usuarios elegir la plataforma más adecuada para sus necesidades y tener una visión general del ecosistema de preprints.

El directorio se basará en los resultados de un proyecto llevado a cabo por el French Committee for Open Science (Preprints Platforms Project) y apoyado por el French Ministry of Higher Education, Research and Innovation (MESRI), que ha desarrollado un amplio y detallado catálogo de repositorios de preprints. La lista actual de preprints documenta más de 90 repositorios de preprints junto con detalles sobre su gestión, funcionalidades y servicios relacionados y su relación con los criterios de la ciencia abierta.

Como parte de la colaboración, el COAR desarrollará una base de datos y una interfaz de usuario con la aportación del Proyecto de Plataformas de Preprints y el apoyo del MESRI. COAR albergará el directorio de preprints y el CCSD se encargará de conservar los registros de metadatos para garantizar que el registro se mantenga actualizado. El directorio estará disponible públicamente para todos y, en la medida de lo posible, se alineará con otros directorios relacionados, como OpenDOAR y la lista de servidores de preprints de ASAPbio.

Fuente: COAR

Análisis de los preprints en los repositorios institucionales y generalistas

Kathleen Shearer, Jessica Polka. Delving deeper into preprints in institutional and generalist repositories. COAR, 2022

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A finales del verano de 2021, el COAR y ASAPbio llevaron a cabo una encuesta entre los repositorios institucionales y generalistas (IR) para conocer sus prácticas y planes en relación con la recogida de preprints. Los resultados preliminares revelaron que aproximadamente dos tercios de los repositorios que respondieron albergan actualmente preprints.

116 repositorios institucionales y generalistas de 35 países respondieron a la encuesta, incluyendo una representación particularmente fuerte de Brasil, el Reino Unido (UK) y los Estados Unidos (US). Con más de 3.000 repositorios institucionales y generalistas de todo el mundo, los encuestados representan una muestra muy pequeña y, por tanto, los resultados no deben generalizarse. De las 116 respuestas que se analizaron, el 61% (71) de los encuestados declararon albergar actualmente preprints.

Varios repositorios (12) indicaron que no saben cuántos preprints tienen en sus colecciones. Esto se debe probablemente a que no distinguen entre preprints y otras versiones de artículos en sus registros de metadatos.

En el caso de los repositorios que sí etiquetan los preprints de forma única (53), el número medio de preprints en sus colecciones era de 704. En particular, este número es significativamente mayor que las colecciones de algunos servidores de preprints existentes. La mayoría de los encuestados que alojan preprints (68%) tampoco estaban seguros de si una parte de los preprints de sus colecciones estaban también alojados en un servidor de preprints.

Se preguntó a los encuestados si sus repositorios admiten algunas de las funcionalidades comunes que ofrecen los servicios de preprints dedicados. Entre los 71 repositorios que alojan preprints, la mayoría (62%) enlaza con la versión publicada. La asignación del DOI (40%) y el soporte para el versionado (32%) son también características comunes. Por otro lado, el cribado (16%), el enlace a revisiones externas por pares (10%), las herramientas de comentarios (7%) y los banners o avisos de responsabilidad que explican lo que es un preprint (5%) se admiten con menos frecuencia.

La comunidad de preprints ha estado desarrollando buenas prácticas que responden a los desafíos únicos asociados con la gestión de preprints, tales como la identificación de las versiones de preprints, la vinculación con las versiones de revistas, y el etiquetado transparente de estos objetos para aclarar su estado de revisión por pares a una amplia gama de lectores. En el ámbito biomédico, los criterios de indexación de preprints de Europe PMC y NCBI definen características importantes que afectan a la visibilidad de los preprints en estas bases de datos, y como tales pueden influir en las decisiones de los servidores de preprints en estas disciplinas. Todavía no está claro cómo se puede dar soporte a los requisitos únicos de gestión de preprints en repositorios con un mandato más amplio y con acceso a diversos tipos de recursos. Sin embargo, a medida que se generaliza la compartición de preprints, está claro que estos repositorios generalistas tienen un papel que desempeñar en el apoyo a la compartición abierta y temprana de los manuscritos de investigación, especialmente en los casos en que los investigadores prefieren publicar sus preprints en una infraestructura local o nacional o en los que las instituciones buscan archivar una colección más completa de productos académicos.

Para ayudar a la comunidad a apoyar mejor la compartición de preprints, COAR y ASAPbio convocarán conjuntamente un grupo de trabajo para entender mejor los retos de los repositorios, desarrollar recomendaciones de buenas prácticas y definir una estrategia para avanzar en la recogida de preprints en repositorios institucionales y generalistas.

Preprints: La evolución de su papel en la comunicación científica

Preprints: Their Evolving Role in Science Communication. Puebla, Iratxe, Jessica Polka, and Oya Y Rieger. Preprints: Their Evolving Role In Science Communication. E-book, Ann Arbor, MI: Against the Grain (Media), LLC, 2022, https://doi.org/10.3998/mpub.12412508.Preprints: Their Evolving Role in Science Communication

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El documento analiza la historia y el papel de los preprints en las ciencias biológicas dentro del cambiante panorama de la ciencia abierta. Se centra en el crecimiento exponencial de los preprints como modelo de publicación y en los retos asociados al mantenimiento de la infraestructura técnica y al establecimiento de modelos de negocio sostenibles. Un preprint es un manuscrito académico publicado por el autor o autores en un repositorio o plataforma para facilitar el intercambio abierto y amplio de los primeros trabajos sin ninguna limitación de acceso. En la actualidad existen más de 60 servidores de preprints que representan distintos ámbitos temáticos y geográficos, cada uno de los cuales evoluciona de forma diferente en función de los patrones de adopción y la ética disciplinaria. Esta sesión informativa ofrecerá una ayuda inestimable a quienes deseen comprender este modelo de publicación en rápida evolución.