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eLife requerirá que las presentaciones de artículos se publiquen previamente como preprints

In biology publishing shakeup, eLife will require submissions to be posted as preprints. Por Lila Guterman Science, 3 de diciembre de 2020 12:40 p.m.

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Cuando los principales financiadores de investigación biomédica lanzaron la revista de acceso abierto eLife en 2012, esperaban que impulsara la publicación biomédica para aprovechar al máximo el poder de Internet para compartir resultados de manera libre e instantánea. En los años siguientes, el modelo de acceso abierto se ha popularizado. Y cada vez más biólogos han compartido el trabajo en servidores de preprints en línea como bioRxiv y medRxiv antes de someterse a la revisión por pares.

Pero esos cambios no son suficientes para Michael Eisen, biólogo de la Universidad de California, Berkeley, y editor jefe de la revista desde 2019. Esta semana, eLife anunciaron que sólo revisarán los manuscritos que se han presentado previamente como preprints. Y todas las revisiones por pares se harán públicas, incluidas las de los manuscritos que realiza la revista previas a la publicación final. Eisen ve los cambios como el siguiente paso lógico en la evolución de los preprints, dijo a Science Insider.

TLDR sistema de inteligencia artificial que resumen los contenidos de investigación de un artículo en una sola frase

Los TLDR (Too Long; Didn’t Read) son resúmenes super-cortos del objetivo principal y los resultados de un artículo científico generados usando el conocimiento de fondo de los expertos y las últimas técnicas de procesamiento del lenguaje natural (PLN) . Esta nueva característica está disponible en versión beta para casi 10 millones de artículos y contando en el dominio de la informática en Semantic Scholar.

Mantenerse al día con la literatura científica es una parte importante del flujo de trabajo de cualquier investigador, y analizar una larga lista de artículos de diversas fuentes mediante la lectura de los resúmenes de los artículos requiere mucho tiempo. TLDR: Extreme Summarization of Scientific Documents, es una nueva forma de resumen extremo, para documentos científicos, utilizando un novedoso protocolo de anotación que produce resúmenes de alta calidad a la vez que reduce al mínimo la carga de anotación.

El motor de búsqueda de información científica Semantic Scholar ahora incluye un nuevo modelo de inteligencia artificial que ofrece un breve extracto sobre cada artículo científico para ayudar a los investigadores en su día a día.

Según la MIT, el sistema ofrece un resumen de una frase junto al famoso indicador TLDR (too long; didn’t read en inglés, demasiado largo; no leído) que aparece debajo de cada artículo de ciencias de la computación (por ahora) cuando los usuarios utilizan la función de búsqueda o van a la página de un autor, lo que le permite localizar rápidamente los documentos adecuados y dedicar el tiempo a leer lo que realmente importa, ya que TLDR ayuda a los usuarios a tomar decisiones rápidas e informadas sobre qué documentos son relevantes, y dónde invertir el tiempo en lecturas adicionales.

Ejemplo:

«Information overload is a top problem facing scientists. Semantic Scholar’s automatically generated TLDRs help researchers quickly decide which papers to add to their reading list.»Isabel Cachola, Johns Hopkins University PhD Student, Former Pre-Doctoral Young Investigator at AI2, and Author of TLDR: Extreme Summarization of Scientific Documents

Bibliografía:

  1. TLDR: Extreme Summarization of Scientific Documents | Semantic Scholar [Internet]. [cited 2020 Dec 3]. Available from: https://www.semanticscholar.org/paper/TLDR%3A-Extreme-Summarization-of-Scientific-Documents-Cachola-Lo/3502a542b2e98d9094e1880a30f652d4170b9534
  2. Una nueva IA resume “papers” de investigación en una sola frase | MIT Technology Review en español [Internet]. [cited 2020 Dec 3]. Available from: https://www.technologyreview.es/s/12886/una-nueva-ia-resume-papers-de-investigacion-en-una-sola-frase
  3. Cachola I, Lo K, Cohan A, Weld DS. TLDR: Extreme Summarization of Scientific Documents [Internet]. [cited 2020 Dec 3]. Available from: https://github.com/allenai/scitldr.

Springer Nature adopta el marco de Revistas Transformativas de Plan S

cOAlition S da la bienvenida al compromiso de Springer Nature de adherirse al marco de Transformative Journal (TJ). Esta ruta permite a los autores hacer que la Versión de Registro (VoR) de su artículo tenga acceso abierto en la publicación. cOAlition S reconoce el valor añadido de un VoR de acceso abierto.

Sin embargo, dependerá de los financiadores, autores e instituciones juzgar si el valor agregado en el VoR justifica el precio.

El marco de transparencia de precios desarrollado por COAlition S ayudará a los compradores de servicios de editoriales a determinar si el precio cobrado es justo, razonable y acorde con los servicios prestados.


Bajo el Plan S, el marco de Transformative Journals es solo una de las rutas hacia el acceso abierto completo e inmediato. Alternativamente, los autores tienen derecho a depositar sus manuscritos aceptados por el autor (AAM) en repositorios que cumplen con el Plan S a través de la Rights Retention Strategy (RRS).

¿Cómo gestionar las publicaciones periódicas?

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Géraldine, B. [e-Book] Gérer les périodiques. Paris, Presses de l’enssib, 2017.

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Verdadero vademécum de los profesionales, esta obra colectiva, dirigida por Géraldine Barron, trata de todas las etapas del circuito de las publicaciones periódicas, cualquiera que sea el medio. Después de un repaso de la oferta editorial en papel y electrónica, se introduce al lector en el arte de la buena adquisición, para luego descubrir los diferentes procedimientos de tratamiento, material, intelectual y documental, que constituyen la vida cotidiana de un gestor de una revista. El curso termina con una mirada a los desafíos de la conservación en red. Este viaje a través del complejo y cambiante mundo de las revistas proporciona a todos los profesionales interesados un modo de funcionamiento muy completo para gestionar el tipo de documento que ha sufrido los mayores trastornos en los últimos años.

Más de 200 revistas de Cambridge University Press se convierten en Revistas Transformadoras alineadas con el Plan S

cOAlition S se complace en anunciar que Cambridge University Press ha comprometido 209 revistas para convertirse en Revistas Transformadoras alineadas con el Plan S. Estas incluyen las 118 revistas híbridas que posee CUP y 91 de las revistas híbridas que son propiedad total o parcial de sus socios sociales. Estas 209 revistas se han comprometido a realizar la transición a la investigación totalmente abierta aumentando gradualmente su contenido de acceso abierto de acuerdo con los objetivos de crecimiento de acceso abierto establecidos por COAlition S y compensando gradualmente los ingresos por suscripción de los pagos por servicios de publicación para evitar la «doble inmersión».

Puede consultar aquí el listado de Revistas Transformadoras de CUP. La lista completa de Revistas Transformativas aprobadas por cOAlition S está disponible aquí.

¿ISi estás nteresado en este modelo de acceso abierto? Consulte los criterios y el proceso de solicitud del Plan S en https://www.coalition-s.org/tj-forms

El artículo científico en inglés


Castel, Víctor M.; Hlavacka, Laura E.; Boccia, Cristina; Miret, Ana María; Rezzano, Susana; París, Luis; Diblasi, Ángela, (2010). El artículo científico en inglés. 1a. ed.. Mendoza, Argentina: Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Filosofía y Letras; Ediciones Biblioteca Digital UNCuyo. 315 p

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Ver además 200 libros GRATIS sobre Metodología de la investigación

Este libro da cuenta de estudios realizados entre 1999 y 2008 en el marco del proyecto “RedACTe: Modelización contextual y lingüística del artículo de investigación, y desarrollo de un sistema de escritura asistida» (Fases I-V: UNCuyo y CONICET).

Contenido: Capítulo 1: Introducción / Víctor M. Castel — Capítulo 2: El abstract: perfil de transitividad del “Anuncio de la investigación» / Laura E. Hlavacka — Capítulo 3: La sección Introduction: una macro-propuesta / Cristina Boccia — Capítulo 4: El potencial de la estructura genérica de la sección Discussion en Ciencias Médicas / Ana M. Miret — Capítulo 5: La regulación de los grados de certeza en la “Interpretación de resultados» de la sección Discussion/Conclusions, / Susana Rezzano — Capítulo 6: La relación retórica “Solución» en el abstract / Luis A. París y Víctor M. Castel — Capítulo 7: Relaciones retóricas y anafóricas en el abstract / Luis A. París — Capítulo 8: Generación asistida de abstracts: micro-planificacion experiencial del “Anuncio de la investigación» / Víctor M. Castel — Capítulo 9: Estadística para la investigación en Lingüística / Ángela M. Diblasi. El material publicado en este libro comunica resultados del proyecto RedACTe (Redacción Asistida por Computadora de Textos) obtenidos entre 1999 y 2008 en el marco de subsidios y evaluaciones de la Secretaría de Ciencia, Técnica y Posgrado de la Universidad Nacional de Cuyo (SCTP de la UNCuyo) y la Comisión Asesora de Filología, Lingüística y Literatura del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CAFLL del CONICET).

eLife lanza artículos de investigación ejecutables para publicar resultados reproducibles computacionalmente de código abierto

Los autores con un artículo de eLife publicado ahora pueden enriquecer su trabajo con bloques de código incrustados y salidas calculadas para que sus resultados sean más transparentes, interactivos y reproducibles.

eLife

Ver artículo reproducible

eLife se complace en lanzar Executable Research Articles (ERA) en asociación con Stencila, lo que permite a los autores publicar versiones computacionalmente reproducibles de sus artículos publicados en la revista de acceso abierto.

La tecnología ERA de código abierto ofrece un formato verdaderamente nativo de la web que trata el código interactivo en vivo como un activo de primera clase. Fue desarrollado para abordar los desafíos actuales relacionados con la reproducción y reutilización de los resultados publicados, desafíos causados ​​principalmente por la falta de infraestructura para que los editores muestren la riqueza y sofisticación de los métodos computacionales utilizados por los investigadores en su trabajo.

Como parte de su misión de transformar la comunicación de la investigación, eLife invierte en innovación tecnológica de código abierto para modernizar la infraestructura para la publicación científica y mejorar las herramientas en línea para compartir, usar e interactuar con nuevos resultados. La organización comenzó a trabajar en el concepto de artículos reproducibles computacionalmente en 2017, primero en asociación con Substance y luego con Stencila, y anunció una serie de hitos en el camino hacia la implementación de ERA brindando a los autores más oportunidades para publicar versiones enriquecidas de sus artículos.

eLife demostración de su primer artículo reproducible computacionalmente.

¿Es la revisión por pares previa a la publicación esencial para el rigor académico?

Bank, Marcus. Is Pre-Publication Peer Review Essential for Academic Rigour? Science Wire, 29/10/2020

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El 17 de junio de este año, se publicó un artículo de investigación sobre la inmunidad mediada por células T y el nuevo coronavirus en el sitio web de publicaciones académicas Research Square. Aunque no se había sometido a una revisión por pares, el estudio tuvo implicaciones directas para el desarrollo de las vacunas COVID-19. En solo tres meses, se descargó más de 100.000 veces y llegó a quizás 10 millones de personas en Twitter, según las cifras que proporcionó la editora en jefe del sitio web, Michele Avissar-Whiting. Sin embargo, no se publicó hasta el 30 de septiembre en una revista tradicional , Nature Immunology . En un momento en el que cada día cuenta en la carrera por desarrollar una vacuna contra el coronavirus, la espera de la revisión por pares habría mantenido oculta esta información crucial durante tres meses y medio.

El florecimiento de los preprints, artículos académicos publicados antes de ser evaluados por revisores, ha sido uno de los pocos puntos brillantes de la devastadora pandemia de este año. Los preprints han sido estándar durante décadas en campos como la física y las matemáticas, pero son relativamente nuevos en la medicina y las ciencias de la vida. Mejor tarde que nunca.

A partir de esta semana, aproximadamente 10.000 preprints sobre el nuevo coronavirus estaban disponibles solo en los servidores de preprint bioRxiv y medRxiv, una hazaña notable dado que este virus apareció hace menos de un año. En conjunto, estos preprints han puesto en circulación información vital de investigación mucho más rápido de lo que hubiera sido posible con el modelo de publicación académica tradicional, en el que el conocimiento emergente se secuestra hasta que se aprueba la revisión por pares. Aunque la revisión por pares se ha mantenido durante mucho tiempo como el estándar de oro de la publicación académica, el florecimiento de los preprints durante la pandemia desmiente la ficción de que la revisión por pares antes de la publicación es esencial para garantizar el rigor académico. En una era de información digital en rápido movimiento, las preprints deberían convertirse en la nueva normalidad.

Esto no quiere decir que la revisión en sí misma sea prescindible; todo, desde este modesto artículo de opinión hasta el artículo científico más complejo, se beneficia del escrutinio. Pero la pandemia ha demostrado que la revisión posterior a la publicación, realizada de manera rápida y transparente a través de plataformas en línea, puede brindar salvaguardas adecuadas contra la información errónea y, al mismo tiempo, permitir el flujo rápido y sin obstáculos de conocimiento científico.

Nada se publica en un servidor de preprints sin ser analizado; los sitios suelen desplegar voluntarios que trabajan desde el principio para garantizar que valga la pena compartir un preprint. En bioRxiv y medRxiv , por ejemplo, si un envío de preprints huele a pseudociencia o plagio, no se publica. Cualquiera que esté preocupado de que los servidores de preprints se conviertan en una papelera de ideas extravagantes o robadas debería estar tranquilo.

Además, la pandemia ha inspirado la aparición de varios servicios de terceros que revisan o curan los preprints publicados. PreLights , un sitio de revisión de preprints respaldado por la editorial sin fines de lucro The Company of Biologists, mantiene un cronograma de lo que ellos consideran preprints «históricos» sobre la biología y la transmisión del nuevo coronavirus. Cada entrada brinda una breve descripción de por qué los preprints son importantes, junto con un enlace directo al documento. En el momento de escribir este artículo, han destacado aproximadamente 125 preprints, lo que proporciona un sistema de filtración útil para los miles de preprints que se han publicado sobre el coronavirus.

La pandemia también ha acelerado el aumento de las “revistas superpuestas”, publicaciones digitales que compilan y revisan trabajos académicos de acceso abierto publicados anteriormente, que a menudo son preprints. En agosto, Rapid Reviews: COVID-19 , publicado por MIT Press, comenzó a ofrecer acceso gratuito a revisiones integrales de preprints sobre el coronavirus y las intervenciones de salud pública relacionadas. A partir de esta semana, ya han publicado más de 50 reseñas.

Y luego, por supuesto, están las redes sociales, que proporcionan plataformas menos formales, pero quizás más ágiles, en las que los investigadores pueden escudriñar el trabajo de sus pares. A menudo, estas revisiones informales pueden revelar fallas que la revisión tradicional por pares pasa por alto. A principios de este año, por ejemplo, tanto The New England Journal of Medicine como The Lancet publicaron artículos basados ​​en investigaciones de la empresa de análisis médicos Surgisphere. Los dos artículos supuestamente utilizaron una amplia base de datos de registros médicos de pacientes con COVID-19 para recopilar los riesgos de mortalidad asociados con el tratamiento de la enfermedad.

Ambos artículos, sin embargo, se basaron en una base defectuosa. Pocos días después de la publicación del artículo de The Lancet , por ejemplo, muchos investigadores señalaron que el artículo era casi con certeza fraudulento. Esta campaña echó raíces en Twitter y culminó con una carta abierta firmada por decenas de investigadores. Los críticos acusaron que el estudio de Lancet se basó en registros de hospitalización global extraordinariamente detallados sobre el coronavirus que habría sido imposible de reunir en solo unos meses. Además, Surgisphere no compartió los datos subyacentes para que otros pudieran revisarlo. Aquí, la revisión posterior a la publicación, la misma técnica que preocupa a tantos escépticos de los preprints, está plagada de riesgos. The Lancet y The New England Journal of Medicine finalmente se retractaron de los artículos el 4 de junio.

El hecho es que, aunque siempre existe la posibilidad de que los manuscritos peligrosos o fraudulentos se escapen de las barreras que se han establecido para examinar los preprints, lo mismo ocurre con la revisión tradicional por pares previa a la publicación. Muchos padres todavía creen erróneamente que las vacunas aumentarán el riesgo de que sus hijos desarrollen autismo, y lo creen en gran parte porque un artículo revisado por pares publicado por The Lancet en 1998 así lo dijo. En ese artículo retirado desde entonces, el médico desacreditado Andrew Wakefield inventó asociaciones falsas entre las tasas de vacunación y las tasas de autismo, alimentando una campaña de desinformación que probablemente nunca morirá.

Otra falla en el modelo tradicional de revisión por pares es que desalienta a los investigadores a publicar estudios que no funcionaron según lo planeado, incluso cuando esa información podría ser útil para la comunidad científica, una forma de sesgo de publicación . Los investigadores tienen grandes incentivos para publicar solo sus resultados más singulares y contrarios a la intuición, debido a un proceso de revisión editorial y por pares que prioriza la novedad. Esto puede llevar a la publicación frecuente de resultados de alto perfil que otros investigadores tienen dificultades para replicar o desarrollar. Un cambio para adoptar los preprints como una forma legítima de publicación académica ayudaría a mitigar ese sesgo de publicación.

En algunas instituciones líderes, ese cambio ya está en marcha. Durante décadas, la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. (NLM), que actúa como el principal repositorio mundial de literatura biomédica, solo ha catalogado literatura formalmente revisada por pares. Esta primavera, sin embargo, lanzó un proyecto piloto para comenzar a catalogar también los preprints sobre la investigación de COVID-19 financiada por los Institutos Nacionales de Salud. Si la NLM está reconociendo los preprints, realmente están aquí para quedarse.

Ciertamente, hubo una época en la que la revisión por pares previa a la publicación era el único sistema que tenía sentido: una época en la que las revistas académicas se imprimían y enviaban por correo, y cuando era esencial hacer todo el trabajo intelectual por adelantado para que el producto final en los estantes de la biblioteca fuera lo más precisa posible. Hoy, sin embargo, todo ha cambiado. Publicamos en línea con facilidad y también tenemos todas las herramientas necesarias para administrar la revisión académica en línea. Ya no hay ninguna razón para otorgar solo a dos o tres expertos, a menudo enmascarados en el anonimato, el poder total para conferir legitimidad a un artículo académico. Ya no hay razón para secuestrar el conocimiento científico del público durante meses mientras avanza con dificultad a través de una tubería editorial anticuada.

Marcus Banks fue bibliotecario de ciencias de la salud durante más de una década y se graduó recientemente del Programa de informes sobre ciencia, salud y medio ambiente de la Universidad de Nueva York. Sus escritos han aparecido en Medscape , Cancer Today  y Smithsonian .

Este artículo se publicó originalmente en Undark . Lea el artículo original .

Preprints y servidores de preprints en la era del COVID-19

Shayan Nabavi Nouri MD.. et al. Preprint manuscripts and servers in the era of coronavirus disease 2019. Journal of Evaluation in Clinical Practice Early, 2020. DOI: doi.org/10.1111/jep.13498

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El objetivo de esta investigación era examinar el impacto de la publicación de preprints en la investigación de las ciencias de la salud y encuestar a los gestorws de los servidores de preimpresos populares en medio de la actual pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19).

Para ello, los autores consultaron tres bases de datos biomédicas (MEDLINE, Web of Science y Google Scholar) y dos servidores de preprints (MedRxiv y SSRN) para identificar la literatura relacionada con preprints. Además, evaluaron 12 servidores de preprints que presentaban la investigación de COVID-19 mediante el envío de muestras de seis manuscritos.

El ámbito de la investigación en ciencias de la salud ha experimentado un aumento espectacular en la presencia y la importancia de las publicaciones no revisadas. Al publicar manuscritos en servidores de preprints, los investigadores pueden comunicar inmediatamente sus hallazgos, lo que facilita la retroalimentación rápida y promueve la colaboración. Al hacerlo, también pueden reducir el sesgo de publicación y mejorar la transparencia metodológica. Sin embargo, al eludir el proceso de revisión por pares, el mundo académico incurre en el riesgo de difundir datos erróneos o mal malinterpretaciones y sufrir las consecuencias posteriores. Estos problemas nunca se han destacado mejor que durante la pandemia de COVID-19 en curso. Los investigadores han inundado la literatura con preprints como medidas provisionales para satisfacer la desesperada necesidad de conocimiento sobre la enfermedad. Estos artículos no revisados ​​inicialmente superaron en número a los publicados en revistas convencionales y ayudaron a orientar a la comunidad científica general al comienzo de la pandemia. Al examinar los servidores de preprints seleccionados, los autores descubrieron diferentes políticas de usabilidad, revisión y aceptación.

Si bien los preprints son vitales en la rápida administración de la ciencia, los manuscritos que promulgan sus conclusiones sin revisión por pares poseen la capacidad potencial de desinformar. Sin duda alguna, como parte del futuro de la ciencia, los consumidores conscientes necesitarán apreciar no solo su utilidad, sino también sus limitaciones.

El valor de los preprints para transformar y acelerar la comunicación científica. Planeta Biblioteca 2020/10/07

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Alonso-Arévalo, J., Lopes, C. El papel transformador de los preprints en la aceleración de la comunicación científica. En: Seminario Hispano-Brasileño de Investigación en Información, Documentación y Sociedad 2020 – MESA III. Gestión de la Información, Comunicación; Madrid: Universidad Complutense de Madrid, 2020. Texto completo

Los preprints son versiones preliminares de trabajos de investigación disponibles antes de su publicación formal. El término lleva utilizándose dese hace décadas. En los días previos a internet, los físicos intercambian por correo postal versiones fotocopiadas de los borradores para comentar con sus colegas. Todos los días, los científicos publican docenas de preimpresiones -estudios que no han sido revisados por pares- en servidores públicos como el bioRxiv. Los preprints permiten a los científicos acceder a los hallazgos de vanguardia más rápidamente que cuando los autores envían sus hallazgos a las revistas tradicionales, que a menudo tardan meses en completar las revisiones. Pero lo que las preimpresiones ganan en velocidad, pueden perder en fiabilidad y credibilidad, dicen los críticos, porque la revisión por pares puede señalar errores y deficiencias. Esto es preocupante, especialmente en el caso de los hallazgos sobre tratamientos médicos que los no científicos podrían malinterpretar, posiblemente con riesgo para su salud. La pandemia de coronavirus sólo ha aumentado esas preocupaciones. Esto es preocupante, especialmente en el caso de los hallazgos sobre tratamientos médicos que los no científicos podrían malinterpretar, posiblemente con riesgo para su salud. La pandemia de coronavirus sólo ha aumentado esas preocupaciones.