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Pasaporte para la Ciencia Abierta: una guía práctica para estudiantes de doctorado

Passport for Open Science – A Practical Guide for PhD Students. Ouvrir le Science, 2020

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La ciencia abierta nació de las nuevas oportunidades que ofrecía la revolución digital para compartir y difundir contenidos científicos. Básicamente, consiste en hacer accesibles los resultados de la investigación para todos eliminando las barreras técnicas o financieras que puedan dificultar el acceso a las publicaciones científicas. También implica abrir las «cajas negras» de los investigadores que contienen los datos y los métodos utilizados para las publicaciones para compartirlos tanto como sea posible.

Elegir la ciencia abierta significa, en primer lugar, afirmar que la investigación que se financia principalmente con fondos públicos debe informar de sus resultados al público con el mayor detalle posible. También se basa en la observación de que la apertura garantiza una investigación mejor documentada y fundamentada y que el intercambio refuerza la naturaleza acumulativa de la ciencia, fomentando así su progreso.

La ciencia abierta y transparente también ayuda a mejorar la credibilidad de la investigación en la sociedad y, de hecho, la crisis de salud de 2020 nos ha recordado la importancia de este tema. Por último, la ciencia abierta es portadora de un profundo movimiento de democratización del conocimiento en beneficio de organizaciones, empresas, ciudadanos y, en particular, estudiantes para quienes el fácil acceso al conocimiento es condición para el éxito.

Las políticas de ciencia abierta ahora cuentan con el apoyo al más alto nivel de la Unión Europea, que ha hecho de la publicación abierta una condición para su apoyo a la investigación científica desde 2012 y de las principales organizaciones de investigación de todo el mundo, como los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos. En Francia, Frédérique Vidal, Ministra de Educación Superior, Investigación e Innovación, lanzó un ambicioso Plan Nacional de Ciencia Abierta en 2018, que desde entonces se ha traducido en una serie de iniciativas.

En última instancia, son los investigadores cuyos compromisos y prácticas encarnan y dan vida a la ciencia abierta. Al comenzar a preparar su doctorado, la última etapa de su educación y la primera etapa de su vida profesional, depende de usted poner en práctica estos principios.

El Pasaporte para la ciencia abierta es una guía diseñada para acompañarlo en cada paso de su investigación, desde el desarrollo de su enfoque científico hasta la difusión de los resultados de su investigación. Proporciona un conjunto de herramientas y mejores prácticas que se pueden implementar directamente y está dirigido a investigadores de todas las disciplinas.

Esperamos que esta guía lo motive y le brinde los medios para que pueda realizar las ambiciones de la ciencia abierta al compartir los resultados y datos de su investigación con tantas personas como sea posible.

Desarrollo de las habilidades bibliotecarias para la ciencia de los datos y la ciencia abierta.

Federer, L., Clarke, S. C., & Zaringhalam, M. (2020, January 16). Developing the Librarian Workforce for Data Science and Open Science. https://doi.org/10.31219/osf.io/uycax

En el presente informe se resumen las deliberaciones y los principales temas que surgieron de un taller de un día y medio de duración sobre el desarrollo de la fuerza de trabajo de la ciencia de los datos bibliotecarios y la ciencia abierta, celebrado los días 15 y 16 de abril de 2019 en la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM). El taller tuvo como objetivo identificar el conjunto de habilidades que los bibliotecarios necesitarán para avanzar en el trabajo en ciencia de datos y ciencia abierta (DS/OS). Entre los participantes en el taller figuraban profesionales que prestan servicios de DS/OS, así como profesores de escuelas de biblioteconomía y ciencias de la información que están promoviendo el DS/OS en entornos académicos.

Evaluación de la investigación en la transición a la ciencia abierta: resultados de la encuesta sobre el acceso y la ciencia abierta de la EUA de 2019

European University Association Launches Report on Research Assessment in the Transition to Open Science | LJ INFOdocket

Bregt Saenen; Rita Morais; Vinciane Gaillard; Lidia Borrell-Damián. Research Assessment in the Transition to Open Science 2019 EUA Open Science and Access Survey Results,  European University Association (EUA), 2020

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En Zenodo


En el presente informe se ofrece un panorama amplio y actualizado de la situación actual de la evaluación de la investigación en las universidades europeas, y se muestra por qué y cómo las instituciones están revisando sus prácticas de evaluación. Basándose en los resultados de la Encuesta de la EUA sobre la evaluación de la investigación en el ámbito de la ciencia abierta y el acceso abierto de 2019, tiene por objeto informar y fortalecer el debate mediante la reunión y el intercambio de información sobre los enfoques actuales y futuros de las universidades en materia de evaluación de la investigación.

eLife requerirá que las presentaciones de artículos se publiquen previamente como preprints

In biology publishing shakeup, eLife will require submissions to be posted as preprints. Por Lila Guterman Science, 3 de diciembre de 2020 12:40 p.m.

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Cuando los principales financiadores de investigación biomédica lanzaron la revista de acceso abierto eLife en 2012, esperaban que impulsara la publicación biomédica para aprovechar al máximo el poder de Internet para compartir resultados de manera libre e instantánea. En los años siguientes, el modelo de acceso abierto se ha popularizado. Y cada vez más biólogos han compartido el trabajo en servidores de preprints en línea como bioRxiv y medRxiv antes de someterse a la revisión por pares.

Pero esos cambios no son suficientes para Michael Eisen, biólogo de la Universidad de California, Berkeley, y editor jefe de la revista desde 2019. Esta semana, eLife anunciaron que sólo revisarán los manuscritos que se han presentado previamente como preprints. Y todas las revisiones por pares se harán públicas, incluidas las de los manuscritos que realiza la revista previas a la publicación final. Eisen ve los cambios como el siguiente paso lógico en la evolución de los preprints, dijo a Science Insider.

Semantic Scholar: una herramienta de búsqueda de investigación gratuita para la literatura científica impulsada por la IA

Ochsner Journal Content Available at Semantic Scholar | Ochsner Journal Blog

Semantic Scholar

El proyecto utiliza una combinación de aprendizaje automático, procesamiento de lenguaje natural y visión artificial para añadir una capa de análisis semántico a los métodos tradicionales de análisis de citas, y para extraer figuras, entidades y lugares relevantes de los artículos.En comparación con Google Scholar y PubMed, Semantic Scholar está diseñado para destacar los artículos más importantes e influyentes, e identificar las conexiones entre ellos.

Semantic Scholar tiene por objetivo el acceso oportuno y abierto a la investigación científica relevante, el proyecto fue lanzado en 2015 como un proyecto innovador en el Instituto Allen para la IA, un instituto de investigación sin fines de lucro fundado por el filántropo Paul G. Allen para desarrollar IA que beneficie el bien común. La herramienta aplica la inteligencia artificial para extraer el significado de la literatura científica permitiendo a los estudiosos navegar en la investigación mucho más eficientemente que un motor de búsqueda tradicional. Escanea rápidamente la investigación con la extracción automática de resúmenes, tablas, figuras y citas. Otra de las tareas de Semantic Scholar es comprender el impacto de un trabajo con estadísticas que resalten el volumen y la intención de las citas del trabajo, destacando la influencia de la investigación.

Cuando buscamos entre los 180 millones de artículo de Semantic Scholar encontramso datos relativos al impacto de la investigación tales como citas, indice h, citas de alta influencia, coautores, alertas, cita, texto completo, editor, PDF, TLDR... ) y la posibilidad de filtrar la búsqueda por diferentes criterios como co-autor, con PDF, área de conocimiento o tipo de publicación.

Búsqueda en Semantic Sccholar. https://www.semanticscholar.org/author/Julio-Alonso-Ar%C3%A9valo/1403118477

Además de las herramientas de búsqueda y descubrimiento disponibles en semanticscholar.org, proporcionamos una API y un Open Research Corpus como servicios gratuitos para la comunidad investigadora. En la actualidad tiene más de180 millones de documentos

El papel transformador de los preprints en la aceleración de la comunicación científica

Alonso-Arévalo, J., Lopes, C. El papel transformador de los preprints en la aceleración de la comunicación científica. En: Seminario Hispano-Brasileño de Investigación en Información, Documentación y Sociedad 2020 – MESA III. Gestión de la Información, Comunicación; Madrid: Universidad Complutense de Madrid, 2020

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Los preprints son versiones de trabajos de investigación disponibles antes de su publicación formal. El término lleva utilizándose dese hace décadas. Se trata de informes preliminares de investigación, que no han sido objeto de escrutinio editorial y de revisión por pares. El intercambio de preprints entre los investigadores en el área científica fue una política común anterior a la web, sobre todo en el ámbito científico-técnico. En ciertas disciplinas altamente dinámicas, como es la física, donde ya preexistía un sistema de comunicación científica, en el que los preprints eran un elemento fundamental, ya se ha operado el cambio, siendo éste el principal medio para la comunicación de los resultados de investigación. El valor fundamental de los preprints es que permiten a los científicos acceder a los hallazgos de vanguardia más rápidamente que cuando los autores envían sus hallazgos directamente a las revistas tradicionales, que a menudo tardan meses en completar las revisiones. La principal crítica al modelo es que frente a la ventaja que implica la velocidad de publicación, es que generan dudas en cuanto a su fiabilidad y credibilidad. En el documento se analiza la capacidad de citación y el valor de los preprints como elementos transformadores y aceleradores de la comunicación científica.

Tendencias recientes en las políticas científicas de ciencia abierta y acceso abierto en Iberoamérica

Babini, D ; Rovelli,L. Tendencias recientes en las políticas científicas de ciencia abierta y acceso abierto en Iberoamérica. Ciudad de Buenos Aires: Clacso, 2020

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Tanto a nivel internacional como regional, el acceso abierto es un movimiento de largo aliento, impulsado desde mediados de la década de 1990; mientras que la ciencia abierta como idea-fuerza cobra preponderancia desde principios del nuevo siglo y se encuentra a la saga de alternativas que mejoren los procesos de investigación individual y colaborativa, su comunicación y reproducibilidad a fin de acelerar la producción y uso de nuevos conocimientos en la sociedad.

Tendencias recientes en las políticas científicas de ciencia abierta y acceso abierto en Iberoamérica, informe 2020 de CLACSO y Fundación Carolina, busca reconstruir y analizar el estado de las investigaciones y las políticas científicas en acceso abierto, datos abiertos de investigación y ciencia abierta en Iberoamérica e indagar su incidencia en la evaluación de trayectorias investigativas, publicaciones científicas e indicadores de impacto de la investigación.

Recomendación Mundial sobre la Ciencia Abierta de la Unesco

Ciencia Abierta

Hacia una recomendación de la UNESCO sobre la ciencia abierta: crear un consenso mundial sobre la ciencia abierta. Paris: UNESCO, 2020

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La recomendación de la UNESCO sobre la ciencia abierta tiene por objeto crear un consenso mundial sobre la ciencia abierta mediante un proceso inclusivo, transparente y consultivo en el que participen todos los países y todos los interesados.

«Este proyecto de Recomendación es un momento esencial en la construcción del consenso internacional en torno a la ciencia abierta y sus promesas: una ciencia más inclusiva, más cooperativa y también más innovadora, una ciencia que pueda desplegar todo su potencial y sea capaz de responder a los grandes desafíos de nuestras sociedades contemporáneas, como el calentamiento global, la lucha contra el colapso de la biodiversidad y la lucha contra las pandemias»

Audrey Azoulay, Directora General de la UNESCO

Tras una amplia consulta mundial, la UNESCO presentó el miércoles 30 de septiembre a sus 193 Estados Miembros un proyecto de Recomendación sobre la Ciencia Abierta, un importante paso para facilitar la cooperación internacional y el acceso universal al conocimiento científico.

El proyecto de recomendación recién presentado refleja la riqueza de opiniones, propuestas y expectativas expresadas durante las consultas. En su calidad de instrumento de derecho internacional, el proyecto acordado tiene en cuenta los retos a los que se enfrenta la comunidad científica en su conjunto, pero también las especificidades regionales, en particular en África. De manera general, reconoce el potencial revolucionario de la ciencia abierta, destacando su importancia para salvar las brechas digitales, tecnológicas, de género y de conocimientos que pueden existir entre los países, pero también entre las personas de un mismo país. Además, el texto subraya que lograr la necesaria transición hacia una ciencia abierta, cuyos primeros pasos se dibujan en el proyecto, requiere una transformación de la cultura científica, que deberá favorecer un enfoque colaborativo más que competitivo y tener en cuenta la dimensión ética en los procesos de creación científica.

El proyecto incluye una propuesta de definición de la ciencia abierta, sus objetivos, un marco de valores y principios compartidos y un análisis de los esfuerzos necesarios para lograr aprovechar el vasto potencial de la ciencia para la sociedad, incluidos los sistemas de conocimientos de los pueblos indígenas. El texto final tendrá que ser aprobado por los Estados Miembros de la UNESCO en la próxima Conferencia General, en noviembre de 2021.

Más de 200 revistas de Cambridge University Press se convierten en Revistas Transformadoras alineadas con el Plan S

cOAlition S se complace en anunciar que Cambridge University Press ha comprometido 209 revistas para convertirse en Revistas Transformadoras alineadas con el Plan S. Estas incluyen las 118 revistas híbridas que posee CUP y 91 de las revistas híbridas que son propiedad total o parcial de sus socios sociales. Estas 209 revistas se han comprometido a realizar la transición a la investigación totalmente abierta aumentando gradualmente su contenido de acceso abierto de acuerdo con los objetivos de crecimiento de acceso abierto establecidos por COAlition S y compensando gradualmente los ingresos por suscripción de los pagos por servicios de publicación para evitar la «doble inmersión».

Puede consultar aquí el listado de Revistas Transformadoras de CUP. La lista completa de Revistas Transformativas aprobadas por cOAlition S está disponible aquí.

¿ISi estás nteresado en este modelo de acceso abierto? Consulte los criterios y el proceso de solicitud del Plan S en https://www.coalition-s.org/tj-forms

Diez reglas simples para escribir Dockerfiles para ciencia de datos reproducible.

Nüst D, Sochat V, Marwick B, Eglen SJ, Head T, Hirst T, et al. (2020) Ten simple rules for writing Dockerfiles for reproducible data science. PLoS Comput Biol 16(11): e1008316. doi:10.1371/journal.pcbi.1008316

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La ciencia computacional ha mejorado enormemente mediante el uso de contenedores para el software de empaquetado y las dependencias de datos. En un contexto académico, los principales impulsores del uso de estos contenedores son la transparencia y el apoyo a la reproducibilidad; a su vez, la reproducibilidad de un flujo de trabajo puede verse muy afectada por las elecciones que se toman con respecto a la construcción de contenedores. En muchos casos, el proceso de compilación de la imagen del contenedor se crea a partir de las instrucciones proporcionadas en formato Dockerfile. En apoyo de este enfoque, se presenta un conjunto de reglas para ayudar a los investigadores a escribir Dockerfiles comprensibles para flujos de trabajo típicos de ciencia de datos. 

Siguiendo las reglas de este artículo, los investigadores pueden crear contenedores adecuados para compartir con otros científicos, para incluirlos en comunicaciones académicas, como artículos educativos o científicos, y para flujos de trabajo personales efectivos y sostenibles