Archivo de la etiqueta: Ciencia abierta

Repositorios de datos de investigación y de ciencia abierta

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Los datos abiertos son considerados como «la nueva materia prima del siglo 21», sin embargo en la actualidad los datos de investigación quedan encerrados en repositorios de datos, oficinas de los investigadores, o en los organismos que lo crearon. La mayoría de las instituciones académicas, organizaciones de investigación, las principales editoriales requieren que los datos se presenten adecuadamente para poder utilizarlos y que estén disponibles para sus estudios.

Los datos se definen como abiertos cuando se pueden utilizar libremente, modificar y compartir por cualquiera para cualquier propósito , incluyendo la creación de un bien común en el que cualquiera puede participar. Los datos abiertos son de utilidad a millones de personas en todo el mundo, investigadores, empresas y ciudadanos. Pero para que puedan ser de utilidad es necesario crear aplicaciones, poner en marcha nuevos productos y servicios que mejoren la transparencia y la apertura.

En los últimos años, varias organizaciones científicas nacionales e internacionales han emitido declaraciones y políticas que subrayan la necesidad de un inmediato archivo de los datos, y algunos organismos de financiación han comenzado a exigir que los datos procedentes de investigaciones que financian sean depositados en un archivo público. Estas declaraciones de las principales agencias de financiación de la investigación demuestran que la ética del intercambio de datos es esencial para maximizar el impacto y los beneficios de la investigación. La experiencia ha demostrado que la dispersión de los datos aumenta el coste de procesamiento y la preservación de los datos, y que la inversión disminuye cuando se dispone de depósitos bien conformados. (ICPSR, 2012).

El problema es cómo seleccionar el mejor repositorio para buscar los conjuntos de datos específicos que se necesitan. Los repositorios de datos varían mucho en cuanto a sus contenidos, objetivos, métodos y políticas de acceso. Dependiendo de la materia o disciplina de investigación, los datos generalmente pueden ser depositados en más de un centro de datos o repositorio. Cada depósito tiene sus propios requisitos o especificaciones respecto a los datos que ofrece, sobre la base de la investigación objeto o de dominio, metadatos, formato de archivo y / o estructura de datos, y los tipos y la naturaleza de las políticas de reutilización de datos y de acceso.

Herramientas para la recopilación de Ciencia Abierta y Datos de Investigación.

 

GENERALES

  • Dryad Digital Repository, a resource for making the data from scientific publications discoverable, reusable, and citable
  • Elsevier DataSearch. Search for research data across domains and types, from many domain-specific, cross-domain and institutional data repositories.
  • Mendeley Data Put your research data online today
  • protocols.io Discover & share science protocol knowledge
  • re3data.org the global registry of research data repositories
  • Repositive Data discovery platform for human genomic data
  • OBF Promote the practice and philosophy of Open Source software development
  • Figshare Manage your research in the cloud
  • LabScribbles Blog about real-time open access science
  • Zenodo Share all research outputs from across all fields of science
  • OSF Platform that simplifies scientific collaboration

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POR DISCIPLINAS (tomados de Springer Nature)

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Biología

 

DNA DataBank of Japan (DDBJ)
EMBL Nucleotide Sequence Database (ENA)
GenBank
dbSNP
European Variation Archive (EVA)
dbVar
Database of Genomic Variants Archive (DGVa)
EBI Metagenomics
NCBI Trace Archive
NCBI Sequence Read Archive (SRA)
Protein Circular Dichroism Data Bank (PCDDB) 
Crystallography Open Database (COD) 
Coherent X-ray Imaging Data Bank (CXIDB) 
Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB)
Electron Microscopy Data Bank (EMDB) 
Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) 
Structural Biology Data Grid
NeuroMorpho.org 
Functional Connectomes Project International Neuroimaging Data-Sharing Initiative (FCP/INDI) 
OpenfMRI 

 

Ciencias sociales

Harvard Dataverse
UK Data Service ReShare
openICPSR
Open Science Framework
Archaeology Data Service

Ciencias naturales

 

NOAA National Centers for Environmental Information (formerly the National Climatic Data Center; NCDC)
Oak Ridge National Laboratory Distributed Active Archive Center (ORNL DAAC)
Cold and Arid Regions Science Data Center (Lanzhou, China) (CARD)
World Data Center for Climate at DRKZ (WDCC)
NERC Data Centres
LTER Network Information System Data Portal
PANGAEA
Australian Antarctic Data Centre (AADC)
EarthChem
Marine Geosciences Data System
Australian Ocean Data Network
SEANOE
NASA Goddard Earth Sciences Data and Information Services Center
AEKOS – TERN Ecoinformatics

 

Ciencias de la salud

National Addiction & HIV Data Archive Program (NAHDAP)
National Database for Autism Research (NDAR)
Cancer Imaging Archive
ClinicalTrials.gov
Virtual Skeleton Database (SICAS medical image repository)
PhysioNet
National Database for Clinical Trials related to Mental Illness (NDCT)
Research Domain Criteria Database (RDoCdb)

 

Física

Reaction Database Standard Search Interface
SIMBAD Astronomical Database
UK Solar System Data Centre
NoMaD Repository

 

Química

caNanoLab*
ChEMBL*
PubChem

 

 

 

 

Escritura científica en humanidades en la era digital

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Jack, D. and e. Kristen Nawrotzki (2013). [e-Book] Writing History in the Digital Age. Michigan, University of Michigan Press, 2013

Texto completo: http://dx.doi.org/10.3998/dh.12230987.0001.001

Con un enfoque centrado en la escritura científica, el innovador formato nacido web y los procesos de revisión abierta, buscan ir más allá de las formas tradicionalistas utilizadas por los estudiosos de las humanidades e historiadores – en particular -, que ya han comenzado a utilizar las tecnologías digitales. En una reciente conferencia antes de la publicación de su próximo libro, The Ivory Tower and the Open Web, Dan Cohen (2011) observa que la mayoría de los estudiosos prefieren «imponer los géneros tradicionales de la torre de marfil a la web» en lugar de aceptar los modelos más exitosos, tales como blogs y medios sociales. Cohen se pregunta,¿Qué pasaría, si invertimos este flujo y «abrazamos los géneros de la web abierta?» ¿Cómo podría la web asumir las normas de la escritura científica?, ¿Que prevalece sobre todo en la forma en que generamos y comunicamos los conocimientos? Esto, en definitiva, es lo que intenta analizar esta obra

Un viaje a la CULTURA OPEN

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Alonso-Arévalo, J. (2015). [e-Book] Un viaje a la Cultura Open. Salamanca, Ediciones del Universo, 2015

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La Investigación científica innovadora tiene un papel crucial en el tratamiento de los desafíos globales – que van desde la atención de la salud y el cambio climático con las energías renovables y la gestión de los recursos naturales. La velocidad y la profundidad de esta investigación dependen de fomentar los intercambios de colaboración entre las diferentes comunidades y asegurar su más amplia difusión. El intercambio de ideas, conocimientos y datos son fundamentales para mejorar la comunicación científica, y por lo tanto el progreso humano.

Entre los movimientos open estarían:

Acceso abierto se refiere las publicaciones académicas libremente disponibles en internet. En algunos casos, estos artículos también incluyen conjuntos de datos abiertos.
Contenido Abierto se refiere a hacer que los recursos destinados a un público humano (como en prosa, fotos, o videos) estén totalmente accesibles.
Open Notebook Science se refiere a la aplicación del concepto de datos abiertos en el proceso científico, incluidos los experimentos fallidos y los datos en bruto.
Conocimiento Abierto. La Open Knowledge Foundation aboga por la apertura de una serie de cuestiones, incluyendo pero no limitado a los de Open Data. (a) científicos, históricos, geográficos o de otro tipo (b) contenidos como música, películas y libros (c) Gobierno y otros datos administrativos.
Open Data está incluida en el ámbito de la Definición de Conocimiento Abierto, que se alude en el Protocolo de “Science Commons” para la aplicación de datos de acceso abierto.
Open Source (Software) se ocupa de las licencias bajo las cuales los programas de ordenador pueden ser distribuidos.
Recursos Educativos Abiertos y MOOCS. Con el éxito de la publicación de acceso abierto, los cursos en línea masivos y abiertos (MOOCs) y las prácticas de educación abierta, el enfoque abierto en la educación ha pasado de la periferia a la corriente principal. Esto marca un momento de victoria para el movimiento de educación abierta, pero al mismo tiempo, comienza la verdadera batalla por la apertura. Al igual que con el movimiento verde, la apertura tiene ahora un valor de mercado y está sujeta a nuevas tensiones, como son las relativas a los aspectos relacionados con la financiación de los MOOC.

Este es un momento crucial para determinar la dirección futura que tomarán los movimientos abiertos. Cuatro áreas clave que han sido fundamentales en la evolución dentro de la educación abierta: acceso abierto, MOOCs, recursos educativos abiertos. Se exploran las tensiones dentro de estos escenarios clave, donde la orientación futura que tomen los movimientos abiertos es importante para todos los que tienen interés directo en la investigación, educación y en muchos aspectos de la vida cotidiana.

Free Culture debería traducirse en realidad con un título bimembre: “Cultura libre”, pero también “Liberen la cultura”. Lawrence Lessig, catedrático de Derecho en la Universidad de Harvard, se ha convertido en uno de los activistas más prestigiosos y reconocidos por sus trabajos en el campo de los derechos y libertades en Internet. Muy especialmente por su conocimiento y compromiso frente a los problemas y perjuicios que suscita la actual legislación sobre propiedad intelectual para el progreso cultural en el contexto de la sociedad digital. La tesis principal, que viene a defender es que hoy en día junto a la privacidad, la forma en la que se están articulando las leyes del copyright es la principal barrera para el desarrollo de la cultura tal como se viene desarrollando y tal como la entendieron los padres fundadores de la Constitución de los EE UU. Tras la digitalización de los contenidos y con la llegada de Internet la aplicación restrictiva del copyright sitúa a los usuarios y a los nuevos creadores como potenciales infractores, en la mayoría de los casos incluso en posición de indefensión frente a los gestores y herederos de los derechos del copyright.

Ciencia abierta. Planeta biblioteca. 2016/05/25

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Más programas de radio de PLANETA BIBLIOTECA

María de Manuel Borges, profesora de la Universidad de Coimbra y experta en Acceso abierto Ciencia Abierta ha visitado nuestro planeta para hablarnos de este tema. María nos ha contado qué es y qué integra la Ciencia Abierta, que implicaciones académicas y sociales tiene la Ciencia Abierta, Como se enmarca la ciencia abierta respecto a otros movimientos open como educación abierta, software libre, REA, Open Notebook, CrowdScience… Qué grados de apertura hay en la ciencia abierta. Un tema fundamental para el futuro de la ciencia y de los servicios de información.

Informe UNESCO sobre la Ciencia de cara al año 2030

 

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Dufour, P.  [e-Book] UNESCO Science Report Towards 2030. PAris, UNESCO, 2016

Texto completo

 

En 2015, la Asamblea General de las Naciones Unidas dio un paso histórico y visionario con la adopción de la Agenda 2030 para el desarrollo sostenible. Por primera vez en este nivel, el papel de la ciencia, la tecnología y la innovación ha sido reconocido explícitamente como un conductor vital de la sostenibilidad.

La sostenibilidad depende de la capacidad de los estados para poner la ciencia en el centro de sus estrategias nacionales de desarrollo, el fortalecimiento de sus capacidades y de la inversión para hacer frente a los retos, algunos de los cuales son aún desconocidas. Este compromiso resuena en el corazón del mandato de la UNESCO como una llamada a la acción, al celebrar el 70 aniversario de la Organización.

Esta edición del Informe sobre la Ciencia como un trampolín para tomar la Agenda 2030 para el desarrollo sostenible, y proporciona información al respecto sobre las preocupaciones y prioridades de los Estados miembros y el intercambio de información crítica para aprovechar el poder de la ciencia para la sostenibilidad.

El Informe sobre la Ciencia dibuja una imagen completa de las muchas facetas de la ciencia en un mundo cada vez más complejo – incluyendo las tendencias en la innovación y la movilidad, las cuestiones relativas a los grandes datos y la contribución de los conocimientosautóctonos y locales para hacer frente a los desafíos globales

Directrices sobre el acceso abierto a las publicaciones científicas y de investigación de datos en Horizonte 2020

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Guidelines on Open Access to Scientific Publications and Research Data in Horizon 2020. [e-Book]  Bruselas, European Comission, 2016

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Estas directrices proporcionan contexto y explicación de las normas sobre el acceso abierto aplicables a los beneficiarios de los proyectos financiados o cofinanciados en Horizonte 2020.

Guía F1000Research para la apertura de las publicaciones científicas

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Amsen, E. (2015). [e-Book] Guide to open science publishing, F1000Research, 2015

Texto completo

¿Cuál es la historia de un acceso abierto? ¿Cómo puedo comprometerme con la ciencia abierta? ¿Dónde debemos compartir nuestros datos? ¿Cuáles son los beneficios de la revisión por pares? ¿Cómo se hace la revisión por pares  posterior a la publicación?  Para responder a estas y otras preguntas clave, F1000Research ha preparado esta guía para la apertura de las publicaciones científicas. Los primeros cuatro capítulos se centran en los principios usos de F1000Research, y el último capítulo se refiere a otras áreas de la ciencia abierta. Se trata de un recurso útil para los investigadores, estudiantes y otras personas interesadas en la naturaleza de la investigación y publicación abierta.

F1000Research es una plataforma de publicación de la ciencia abierta original que ofrece la posibilidad de publicación inmediata en acceso abierto, transparente y un sistema de revisión por pares posterior a la publicación. Además de ofrecer la posibilidad de depositar y compartir todos los datos subyacentes utilizados en el desarrollo de la investigación. F1000Research no sólo recopila los resultados finales de la investigación, también acepta documentos relativos a casos clínicos, posters, presentaciones, protocolos, repeticiones y resultados nulos o negativos. Todos los artículos se benefician de un arbitraje transparente, la inclusión de todos los datos de origen y la asignación de un número de identificaión persistente (DOI)

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Proceso de publicación y revisión post-publicación en F1000Research

 

La revisión tradicional de los artículos de investigación por pares anónimos pre-publicación puede causar importantes retrasos que afectan a cuando se hacen visibles los nuevos resultados de una investigación. F1000Research utiliza un proceso dirigido por el autor, facilitando la publicación de todos los documentos relacionados con la investigación científica en un plazo de pocos días, a través de un sistema de revisión post-publicación, centrado en la solidez científica en lugar de en la novedad o en el impacto.

Ciencia abierta en una República Digital

 

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White Paper — Open Science in a Digital Republic.  [e-Book] Paris, CNRS, 2016.

Texto completo

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Desde hace ya varios años, la comunidad científica está involucrada en la investigación pública discutiendo sobre la necesidad de crear un marco jurídico y organizativo para el acceso a los datos y la información científica en el mundo digital  y técnico, en particular, los datos de su propia investigación. El libro blanco sobre Ciencia abierta en una República Digital, presenta una relación de reflexiones sobre las prácticas de los investigadores en relación con el uso de la información científica y técnica a través de las herramientas digitales. El paquete de propuestas para la creación de Ciencia Abierta es el resultado de los esfuerzos combinados y testimonios poderosos del mundo de la investigación. En un momento en que el proyecto de ley de República Digital se propone insertar disposiciones relativas al acceso abierto en el Código francés de investigación, el Centro Nacional de Investigación Científica (CNRS), junto a sus socios en el proyecto ISTEX, así como un gran número de investigadores y agntes de las áreas de la investigación pública, están ofreciendo a través de este libro blanco los resultados de sus deliberaciones y análisis.

Libro Blanco de la Ciencia Abierta (CNRS)

 

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Livre blanc — Une Science ouverte dans une République numérique. Paris, Direction de l’Information Scientifique et Technique, CNRS, 2016.

Texto completo

PDF

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Desde hace varios años la comunidad científica de investigación pública demanda la creación de un marco jurídico y de organización para el acceso a datos e información científica y técnica en el mundo digital. Este Libro Blanco refleja estas consideraciones, teniendo en cuenta las prácticas en el uso de la información científica y técnica y las herramientas digitales utilizadas por parte de los investigadores. El conjunto de propuestas para la creación de una ciencia abierta es el resultado del trabajo conjunto y recoge los testimonios a este respecto proporcionados por el mundo de la investigación.

Zenodo: un repositorio digital abierto para todo el mundo

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http://zenodo.org

Se trata de un repositorio digital abierto para aquellos investigadores que no cuentan con un servicio dedicado. Además asegura la integración con la infraestructura y la inclusión en OpenAIRE, a través de un servicio de alojamiento de acuerdo con las mejores prácticas de los centros de datos profesionales del CERN.

Zenodo construye y opera un servicio sencillo e innovador que permite a los investigadores, científicos, proyectos e instituciones de la UE compartir, preservar, depositar y mostrar los resultados de investigación multidisciplinares, tanto de datos como de publicaciones, para aquellas entidades o comunidades de investigación que no disponen de repositorios institucionales.

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Registro de Zenodo con indicadores Altmetrics y DOI

El nombre alude a Zenodoto que fue el primer director de la Biblioteca de Alejandría y el primer editor crítico de Homero.

Zenodo permite a los investigadores, científicos, proyectos e instituciones de la UE:

  • ompartir fácilmente los resultados de la investigación en una amplia variedad de formatos, incluyendo texto, hojas de cálculo, audio, vídeo, imágenes de todos los campos de la ciencia.
  • Mostrar los resultados de investigación y recibir crédito por por parte de los organismos de financiación como la Comisión Europea
  • Fácil acceso y reutilización de los resultados de investigación compartidos.

Además Zenodo facilita la subida y la inclusión de metadatos semiautomáticamente mediante la comunicación con los servicios en línea existentes, tales como DropBox, Mendeley / ORCID / CrossRef / OpenAIRE. El fácil acceso a los resultados de investigación a través de una opción de visualización innovadora, APIs abiertas, la integración con los servicios en línea existentes, y la preservación de los formatos de datos independientes de la comunidad. Un servicio seguro y de confianza mediante la combinación de curación de datos basados en la comunidad, con estrategias a corto y largo plazo de archivo y preservación digital de acuerdo con las mejores prácticas. identificadores persistentes, identificadores de objetos digitales (DOIs), para el intercambio de los resultados de investigación. Una manera fácil de vincular los resultados de investigación con otros resultados y productos, fuentes de financiación, instituciones y licencias.